公司部门规定的考核员工工资的条款是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、合法性判断依据
是否违反法律法规强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，企业并不具备直接对员工进行罚款的法定权利（除非因员工原因给企业造成经济损失，且符合特定条件）。若部门考核条款中包含非法罚款内容，则该条款不合法。
- 考核条款应遵循公平、公正、公开的原则，不得侵犯员工的合法权益，如不得设定不合理的考核标准或扣除工资的比例等。
是否经过民主程序制定并公示：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，应当向劳动者公示或告知。若部门考核条款未经民主程序制定或未公示，则可能因程序违法而不被认可。
是否与劳动合同或集体合同相冲突：
- 若部门考核条款与劳动合同或集体合同中的约定相冲突，且未经双方协商一致进行变更，则该条款可能因违反合同约定而不合法。
二、合法与不合法的具体情形
合法情形：
- 考核条款内容合法，即不违反法律法规的强制性规定，且经过民主程序制定并公示。
- 考核条款与劳动合同或集体合同中的约定一致，或虽不一致但已通过协商一致进行变更。
- 考核条款合理设定了考核标准、考核周期、考核结果应用等，且未侵犯员工的合法权益。
不合法情形：
- 考核条款中包含非法罚款内容，如未经员工同意擅自扣除工资作为罚款。
- 考核条款未经民主程序制定或未公示，导致员工对考核条款不知情或存在异议。
- 考核条款与劳动合同或集体合同中的约定相冲突，且未经双方协商一致进行变更。
- 考核条款设定不合理的考核标准或扣除工资的比例，导致员工权益受损。
三、法律建议
对于员工：
- 若认为部门考核条款不合法或存在争议，可先与公司进行沟通协商，寻求解决方案。
- 若协商无果，可向企业劳动争议调解委员会申请调解，或直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
对于公司：
- 在制定部门考核条款时，应确保内容合法、合理，并经过民主程序制定并公示。
- 定期对考核条款进行审查和更新，确保其符合法律法规的要求和公司的实际情况。
- 在与员工沟通考核结果时，应保持透明和公正，避免引起不必要的争议和纠纷。
总结来说，公司部门规定的考核员工工资的条款是否合法，需根据具体内容、制定程序以及是否与劳动合同或集体合同相冲突等因素进行综合判断。若您对此有进一步疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。