结论前置：暑假工被扣1000元是否合理，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 若合同中有明确约定：如果暑假工与用人单位在签订劳动合同时，明确约定了工资扣除的具体情形和金额，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定扣除1000元可能是合理的。但需注意，合同中的约定必须合法合规，不能存在显失公平或违法条款。
- 若合同中无明确约定：如果合同中没有明确约定工资扣除的情形和金额，用人单位擅自扣除1000元则可能缺乏合法依据，此时暑假工有权要求用人单位返还被扣除的工资。
法律法规角度：
- 工资支付规定：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果用人单位扣除工资的行为没有合法依据，如未按照合同约定或违反法律法规规定，则可能构成违法。
- 特殊情形下的扣除：在某些特殊情况下，如劳动者给用人单位造成经济损失、违反用人单位规章制度等，用人单位可能按照合法程序扣除部分工资作为赔偿或惩罚。但扣除的金额应当合理，且不得超过劳动者当月工资的20%，同时扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果扣除1000元超出了这一范围，则可能不合理。
实际操作角度：
- 沟通协商：如果暑假工对工资扣除有异议，首先应当与用人单位进行沟通协商，了解扣除的具体原因和依据。如果用人单位能够提供合法合理的解释和证据，且扣除金额符合法律法规和合同约定，那么暑假工可能需要接受这一结果。
- 投诉举报：如果用人单位无法提供合法合理的解释和证据，或者扣除金额明显不合理，暑假工可以向当地劳动监察部门投诉举报，要求用人单位返还被扣除的工资，并可能面临相应的法律处罚。
建议：
- 暑假工在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和扣除的约定，确保自己的权益得到保障。
- 如果遇到工资被不合理扣除的情况，暑假工应当及时与用人单位沟通协商，并保留好相关证据，如工资条、合同、沟通记录等，以便在必要时维护自己的合法权益。
- 如果沟通协商无果，暑假工可以向当地劳动监察部门投诉举报，或者通过法律途径解决争议。
可能后果：
- 如果用人单位扣除工资的行为违法或不合理，可能面临劳动监察部门的处罚，如责令改正、罚款等。
- 暑假工如果通过法律途径解决争议，可能获得被扣除的工资返还以及可能的赔偿金。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。