基本工资1000元而绩效工资3500元，这一工资结构本身并不直接违反劳动法规定，但具体是否合法还需结合其他因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、工资结构合法性的基本判断
工资组成合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资通常由基本工资、绩效工资、奖金、津贴等部分组成。因此，基本工资和绩效工资的组合是合法的。
最低工资标准：
- 关键在于基本工资是否低于当地最低工资标准。如果基本工资1000元低于当地最低工资标准，则这一工资结构违法。例如，若当地最低工资标准为1500元/月，那么基本工资1000元就低于了这一标准，违反了法律规定。
- 计算公式：若需判断基本工资是否合法，可比较基本工资与当地最低工资标准：\(基本工资 \geq 当地最低工资标准\)。若不等式成立，则基本工资合法；否则，违法。
二、绩效工资的合法性与合理性
绩效工资的约定：
- 绩效工资的发放通常与劳动者的工作表现、业绩等挂钩。只要用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件、标准等，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，就是合法的。
绩效工资的合理性：
- 除了合法性外，绩效工资的合理性也是需要考虑的因素。如果绩效工资的发放标准过于苛刻，或者用人单位在绩效评估过程中存在不公平、不公正的行为，那么即使工资结构在形式上合法，也可能引发劳动争议。
三、其他可能影响工资结构合法性的因素
劳动合同的约定：
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了工资结构、发放方式等，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么工资结构就是合法的。
用人单位的规章制度：
- 用人单位的规章制度也是判断工资结构合法性的重要依据。如果用人单位的规章制度中明确规定了工资结构、绩效评估标准等，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，那么工资结构也是合法的。但需注意，规章制度的制定和修改需经过民主程序，并公示或告知劳动者。
四、建议与风险提示
建议：
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资结构、发放方式、绩效评估标准等的内容。如果对这些条款有疑问或不满，应及时与用人单位沟通协商，确保自己的合法权益得到保障。
- 对于用人单位而言，在制定工资结构时，应遵守法律法规的强制性规定，确保工资结构合法、合理、公平。同时，应建立健全的绩效评估体系，确保绩效评估过程公正、透明。
风险提示：
- 如果工资结构违反了法律法规的强制性规定，或者用人单位在绩效评估过程中存在不公平、不公正的行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
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