公司未收到纸质降薪协议，该协议是否有效需分情况讨论：

1. 若双方已通过其他方式达成降薪合意：

   • 法律背景：根据《劳动合同法》及相关规定，劳动合同的变更（包括薪资调整）需双方协商一致，并可采用书面、口头或其他形式达成合意。法律并未强制要求必须采用纸质协议形式。
   • 具体分析：若公司虽未收到纸质降薪协议，但员工已通过电子邮件、短信、微信等电子方式明确表示同意降薪，或双方已实际按照降薪后的标准履行了一段时间（如公司已按降薪后标准发放工资，员工未提出异议），则可视为双方已就降薪达成合意，该降薪协议有效。
   • 建议：公司应保留好与员工沟通降薪的电子记录或实际履行降薪的证据，以备不时之需。

2. 若双方未就降薪达成合意，或员工明确表示反对：

   • 法律背景：同样根据《劳动合同法》及相关规定，未经员工同意，公司不得单方面降低员工薪资。
   • 具体分析：若公司未收到纸质降薪协议，且员工未通过其他方式表示同意降薪，或员工明确表示反对降薪，则公司单方面降薪的行为无效。员工有权要求公司按照原劳动合同约定的薪资标准支付工资，并可就此向劳动仲裁机构申请仲裁。
   • 建议：公司应尊重员工的意愿，不得单方面降薪。若确实需要调整员工薪资，应与员工进行充分沟通，并达成书面合意。

3. 关于纸质协议的效力问题：

   • 法律背景：虽然法律未强制要求劳动合同变更必须采用纸质形式，但纸质协议作为书面证据，具有更强的证明力。在发生纠纷时，纸质协议能够更直观地展示双方的权利义务关系。
   • 具体分析：若公司未收到纸质降薪协议，但双方已通过其他方式达成合意，且该合意不违反法律法规的强制性规定，则该降薪协议仍然有效。然而，若发生纠纷，公司可能需要提供其他证据来证明双方已就降薪达成合意，这可能会增加公司的举证难度。
   • 建议：为了降低法律风险，公司应尽量与员工签订书面降薪协议，并确保双方签字或盖章确认。若因特殊原因无法签订纸质协议，也应通过电子邮件、短信等电子方式留存好双方沟通降薪的记录。

总结与进一步行动建议：公司未收到纸质降薪协议并不意味着该协议一定无效。关键在于双方是否已就降薪达成合意，并是否实际履行了降薪后的标准。若公司确实需要调整员工薪资，建议与员工进行充分沟通，并尽量签订书面协议以降低法律风险。若遇到法律纠纷或疑问，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。