针对药店核心员工持续盗窃资金的问题，建议立即采取以下法律措施，以最大限度维护药店权益并降低损失：

1. 固定证据链，确保事实清晰

   • 立即收集所有能证明盗窃行为的证据，包括但不限于：监控录像（需完整记录盗窃过程）、财务账目异常记录（如现金短缺、账目与实际不符）、员工操作记录（如收银系统异常操作）、证人证言（其他员工或顾客目击情况）等。
     
   • 若涉及电子数据（如监控、系统记录），需及时备份并确保原始数据未被篡改，必要时可申请公证或司法鉴定。
     
   • 关键点：证据需形成完整链条，能直接指向该员工的具体盗窃行为，避免因证据不足导致后续维权受阻。

2. 内部处理与报警同步进行

   • 内部处理：根据药店规章制度（如员工手册中关于盗窃的处罚条款），立即暂停该员工工作，并通知其到场配合调查（需注意避免限制人身自由或侵犯隐私）。若员工承认盗窃，可要求其签署书面承认书并退还赃款；若拒绝承认，则直接进入法律程序。
     
   • 报警处理：无论员工是否承认，均应立即向公安机关报案（携带证据材料）。盗窃行为已涉嫌《刑法》第二百六十四条“盗窃罪”，公安机关立案后将依法侦查，若证据充分，可追究其刑事责任（根据金额可能面临三年以下有期徒刑、拘役或管制，并处罚金）。
     
   • 关键点：内部处理与报警需同步进行，避免因仅内部处理而错过刑事追责时效，或因仅报警而未及时止损（如员工转移财产）。

3. 民事索赔与刑事追责并行

   • 刑事附带民事诉讼：在公安机关立案后，药店可作为被害人参与刑事诉讼，并在刑事审判中提出附带民事赔偿请求，要求员工返还被盗资金并赔偿因盗窃导致的其他损失（如营业损失、调查费用等）。
     
   • 单独民事诉讼：若刑事案件未完全覆盖损失（如部分资金已被挥霍），药店可单独提起民事诉讼，要求员工承担民事赔偿责任。
     
   • 关键点：民事索赔需以刑事立案或判决为基础，确保赔偿请求的合法性与可执行性。

4. 完善内部管理，预防再次发生

   • 立即审查药店财务与收银流程，排查漏洞（如单人收银、未定期盘点、监控盲区等），并制定改进措施（如双人收银、每日盘点、关键区域全覆盖监控等）。
     
   • 对全体员工进行法律与职业道德培训，明确盗窃行为的法律后果（包括刑事责任与民事赔偿），并更新员工手册，强化对违规行为的处罚条款。
     
   • 关键点：预防措施需具体且可执行，避免因流程漏洞导致类似事件再次发生。

总结：药店应第一时间固定证据、报警并启动内部处理，通过刑事追责与民事索赔最大限度挽回损失，同时完善内部管理以杜绝隐患。若需进一步协助（如证据整理、报案材料准备或诉讼代理），可直接向我咨询，我将提供详细指导。