结论前置：公司无权扣除您入职未满两个月期间的两个月房租，这种做法缺乏法律依据，您有权要求公司返还被扣款项，若公司拒绝，您可通过法律途径维权。以下从不同角度详细分析：

从劳动合同角度

• 合同约定情况：查看您与公司签订的劳动合同，若合同中明确约定公司为员工提供住宿或者承担房租相关费用，且未提及在入职未满一定期限时公司有权扣除房租等类似条款，那么公司扣除您两个月房租的行为明显违反合同约定。您有权依据合同条款，要求公司按照约定履行义务，返还被扣除的房租。
• 合同未约定情况：即便劳动合同中没有关于住宿或房租的明确约定，公司也不能随意扣除您的房租。因为公司扣除房租这一行为，本质上是对您财产权益的一种侵害，在没有合法依据的情况下，这种扣除行为是不合理的。您可以与公司协商，要求其停止这种不当行为并返还钱款；若协商不成，您可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司进行调查处理。

从劳动法规角度

• 工资支付规定：根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资。房租并不属于法律规定的可以扣除工资的合理情形。公司以扣除房租的方式变相减少您实际到手的工资，违反了工资支付的相关规定。您有权要求公司按照实际工作天数和约定的工资标准支付工资，返还被扣除的房租部分。
• 劳动权益保护：劳动者享有平等的就业和取得劳动报酬的权利。公司扣除您入职未满两个月期间的两个月房租，这种做法损害了您的劳动权益。您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益，要求公司返还被扣除的房租，并可能要求公司承担因违法扣除工资给您造成的其他损失。

从实际操作建议角度

• 与公司协商：首先，您可以尝试与公司进行友好协商，向公司说明其扣除房租的行为缺乏法律依据，要求公司返还被扣除的款项。在协商过程中，注意保留好相关的沟通记录，如聊天记录、邮件等，以备后续维权使用。
• 收集证据：如果协商无果，您需要收集相关证据来支持自己的主张。这些证据包括劳动合同、工资条、公司扣除房租的通知或证明、与公司沟通的记录等。这些证据将有助于您在劳动监察投诉或劳动仲裁中证明公司的违法行为。
• 寻求法律帮助：在收集好证据后，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果您对法律程序不熟悉，也可以寻求专业法律人士的帮助，以确保您的权益得到充分维护。