结论：即使已和公司协商办理退职手续但协议中未写明孕妇应得的补偿，您仍然可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

分析说明：

1. 劳动仲裁的适用性：

   • 劳动仲裁是解决劳动争议的一种法律途径，当劳动者与用人单位之间就劳动权益产生争议时，双方均可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 在您的情况下，虽然已与公司协商办理退职手续，但协议中未包含孕妇应得的补偿，这构成了劳动争议，因此您有权申请劳动仲裁。

2. 孕妇的特殊权益：

   • 根据相关法律法规，孕妇在劳动关系中享有特殊的保护权益，包括但不限于产假、生育津贴、哺乳假等。
   • 如果公司在您退职时未按照法律规定给予相应的补偿，这违反了法律法规，您有权通过劳动仲裁来维护自己的权益。

3. 劳动仲裁的流程：

   • 您需要准备相关证据，如退职协议、工作证明、工资单、医疗证明等，以证明您的权益受到了侵害。
   • 接着，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求参与仲裁程序。
   • 仲裁委员会将根据双方提供的证据和法律法规进行裁决，如果裁决支持您的诉求，公司将需要按照裁决结果给予您相应的补偿。

4. 可能的法律后果：

   • 如果公司拒绝履行仲裁裁决，您还可以向人民法院提起诉讼，要求法院强制执行裁决结果。
   • 同时，公司可能因违反法律法规而面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。

行动建议：

• 收集证据：尽快收集与退职、孕期权益相关的所有证据，包括退职协议、工作记录、工资单、医疗证明等。
• 咨询专业律师：虽然我可以为您提供一般性的法律建议，但具体案件的处理还需要根据您的实际情况和当地法律法规来制定策略。因此，建议您咨询一位专业律师，以便更准确地了解您的权益和可能的法律后果。
• 提交仲裁申请：在准备好证据和咨询过律师后，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁程序进行操作。

如果您有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。