核心结论：重病后单位扣工资是不合法的，您有权要求单位补发工资，若单位拒绝，可通过协商、投诉或法律途径解决。以下分情况详细说明：
单位扣工资的合法性分析
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因病或非因工负伤，在规定的医疗期内，单位不得解除劳动合同，且应按照规定支付病假工资或疾病救济费。
- 病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%，具体比例可能因地区而异，但单位无权随意扣减。
- 若单位以您重病为由扣减工资，且未提供合法依据（如未按照规定支付病假工资），则属于违法行为。
应对措施
- 与单位协商：首先，您可以尝试与单位沟通，了解扣减工资的具体原因，并要求单位提供相关依据。若单位无法提供合法依据，您可要求单位补发工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，提供相关证据（如工资条、病假证明等），要求劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：若劳动监察部门处理无果，或您对处理结果不满意，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求单位支付被扣减的工资及可能的赔偿。
- 提起诉讼：若劳动仲裁结果仍无法满足您的诉求，您还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
注意事项
- 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如工资条、病假证明、与单位的沟通记录等，以便在需要时提供证明。
- 若您对法律程序不熟悉，或担心自己无法有效维护权益，可以寻求法律援助或咨询专业律师（当然，您可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议）。
- 在处理过程中，保持冷静和理性，避免与单位发生不必要的冲突，以免影响问题的解决。