结论：购买两单过期食品经过协商赔偿五千是否违法，需分情况讨论，主要看赔偿金额是否合理且是否符合法律规定。
分析如下：
赔偿金额的合理性：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，生产不符合食品安全标准的食品或者经营明知是不符合食品安全标准的食品，消费者除要求赔偿损失外，还可以向生产者或者经营者要求支付价款十倍或者损失三倍的赔偿金；增加赔偿的金额不足一千元的，为一千元。这是法律对于食品安全问题赔偿的基本规定。
- 在您的情况下，如果两单过期食品的总价款较低，而赔偿金额达到了五千元，这可能远超过了法律规定的“价款十倍或者损失三倍”的标准。然而，法律并未禁止消费者与商家通过协商达成更高的赔偿金额，只要双方自愿且不违反法律强制性规定。
协商赔偿的合法性：
- 协商赔偿是民事纠纷解决的一种常见方式，只要双方自愿、平等、公平地达成协议，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，就是合法的。
- 在您的情况下，如果五千元的赔偿金额是您与商家自愿协商达成的，且没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种赔偿就是合法的。
可能的法律后果：
- 如果商家认为赔偿金额过高，不愿意支付，或者您认为商家未按照协商的金额进行赔偿，双方都可能通过法律途径解决纠纷。
- 在法律程序中，法院或仲裁机构会根据实际情况，包括食品的价值、过期食品可能对消费者造成的损害、双方的协商过程等因素，来判断赔偿金额是否合理。
建议：
- 如果您与商家已经就赔偿金额达成一致，且商家愿意支付，那么您可以接受这笔赔偿。
- 如果商家不愿意支付或者您认为赔偿金额不合理，您可以考虑通过法律途径解决纠纷，比如向消费者协会投诉、向市场监督管理部门举报或者向法院提起诉讼。
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如购物小票、过期食品的照片或视频、与商家的协商记录等，以便在需要时提供证明。
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