结论：工厂在辞退您时，若合同中有“不满三个月扣两天工资”的条款，该条款可能因违法而无效，这两天被扣的工资原则上应当返还给您。但具体还需根据实际情况判断。以下为详细分析：
一、合同条款的合法性分析
工资扣除的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得随意扣除劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 合同中“不满三个月扣两天工资”的条款，若未经劳动者同意，或未在劳动合同中明确约定，且该约定违反了法律法规的强制性规定，则该条款可能被视为无效。即使该条款在合同中有所体现，但如果其内容违法，同样不具备法律效力。
辞退的合法性：
- 工厂辞退您需有合法依据，如您存在严重违反公司规章制度、严重失职、营私舞弊等行为，或因您不能胜任工作等法定情形。若工厂无正当理由辞退您，则可能构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。
二、工资返还的可能性
若合同条款无效：
- 若合同中“不满三个月扣两天工资”的条款被认定为无效，则工厂无权扣除您这两天的工资。在您被辞退时，工厂应当返还已扣除的工资。
若工厂违法辞退：
- 若工厂无正当理由辞退您，除需返还已扣除的工资外，还可能需支付您经济补偿金或赔偿金。经济补偿金的标准通常根据您在工厂的工作年限和月工资水平来确定。
三、建议行动
与工厂协商：
- 您可以首先尝试与工厂进行协商，要求返还被扣除的工资，并了解辞退的具体原因。若工厂同意返还工资并给出合理的辞退理由，则问题可能得到妥善解决。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，您可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求工厂返还被扣除的工资，并可能要求支付经济补偿金或赔偿金。在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、辞退通知等。
寻求法律援助：
- 若您对劳动仲裁流程不熟悉或担心自身权益无法得到保障，可以寻求法律援助或咨询专业律师。我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务，帮助您维护自身合法权益。
最后，若您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。