结论前置：未经批准在其本农田建蔬菜大棚，若未满足相关法律、规划和政策要求，则可能构成违法行为。具体是否违法，需结合以下多个要素进行判断。
合法性要素分析
符合土地利用规划：
- 建设蔬菜大棚需与当地的土地利用规划相一致，不能随意改变土地的农业用途。若涉及永久基本农田，应确保不破坏耕作层或按规定补划。若未经批准擅自改变土地用途，则可能构成违法。
经过相关部门批准：
- 经营者应与农村集体经济组织签订用地协议，并履行备案手续。备案需向乡镇政府提交，并由其汇总后汇交至县级自然资源主管部门和农业农村主管部门。未经批准或未履行备案手续，擅自建设蔬菜大棚，属于违法用地行为。
不破坏耕地：
- 大棚建设应避免对耕地造成不可逆的损害，特别是耕作层。若因建设大棚导致土壤质量下降、生态环境破坏，将受到法律制裁。
遵循设施农用地管理规定：
- 大棚作为设施农业用地，需遵守使用年限、备案手续等具体要求。不得擅自改变大棚的农业用途，如将其转为住宅、工厂或商业设施。若违反这些规定，同样构成违法行为。
违法情形及后果
改变土地用途：
- 以建设蔬菜大棚为名，实际用于非农业活动，如居住、工业生产等，构成“大棚房”问题，属于严重违法。这种行为不仅违反了土地管理法规，还可能涉及非法占用农用地罪等刑事责任。
破坏耕地质量：
- 建设过程中若导致土壤质量下降、生态环境破坏，将受到法律制裁。根据《土地管理法》等相关法规，破坏耕地的行为可能面临罚款、责令恢复原状等处罚。
未履行审批和备案手续：
- 未与农村集体经济组织签订用地协议或未向乡镇政府备案，视为违法用地行为。这种行为可能导致大棚被拆除、恢复原状，并可能面临罚款等处罚。
超年限使用或未按规定管理：
- 超出设施农用地的使用年限或未遵守其他管理规定，同样构成违法行为。这可能导致大棚被要求限期整改或拆除，并可能面临相应的法律责任。
建议与指导
在进行耕地上的蔬菜大棚建设前，建议：
- 详细咨询当地自然资源主管部门和农业农村主管部门，了解具体的土地利用规划和政策要求。
- 确保所有审批和备案手续齐全，避免后续的法律风险。这包括与农村集体经济组织签订用地协议、向乡镇政府提交备案申请等。
- 严格遵守设施农用地管理的各项规定，确保大棚建设的合法性和可持续性。这包括遵守使用年限、不改变农业用途等要求。
综上所述，未经批准在其本农田建蔬菜大棚是否违法，需结合土地利用规划、审批手续、耕地保护以及设施农用地管理等多个要素进行判断。若您有具体的法律问题或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。