公司和实习生签订保证实习后成为正式员工的协议，其合法性需分情况讨论：
协议内容合法且双方自愿：
- 如果协议内容不违反法律法规的强制性规定，比如不涉及就业歧视、不违反最低工资标准、不违反社会保险缴纳规定等，且双方是在平等、自愿的基础上签订的，那么这份协议是合法的。
- 在这种情况下，协议对双方都具有约束力。实习生在完成实习任务并满足协议约定的其他条件后，公司应当按照协议约定将其转为正式员工。如果公司违反协议约定，实习生有权要求公司承担违约责任，比如赔偿损失或继续履行协议等。
协议内容存在违法情形：
- 如果协议中存在违反法律法规强制性规定的内容，比如要求实习生在实习期间不享受任何劳动报酬、不缴纳社会保险等，那么这些条款是无效的。
- 无效的条款不影响协议其他部分的效力，但如果这些无效条款是协议的核心内容，且双方无法就其他条款达成一致，那么整个协议可能被视为无效。在这种情况下，实习生和公司之间的劳动关系将不受该协议的约束，而是按照相关法律法规的规定来确定。
协议签订过程中的特殊情况：
- 如果实习生在签订协议时存在欺诈、胁迫等情形，导致公司基于错误的认识而签订了协议，那么公司有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。
- 另外，如果实习生在实习期间表现不佳，无法满足公司转正的要求，或者公司因经营状况发生变化无法继续雇佣实习生，那么公司可能无法按照协议约定将实习生转为正式员工。但这种情况下，公司应当提前与实习生进行沟通，并按照相关法律法规的规定支付经济补偿或赔偿金等。
法律建议：
- 对于实习生而言，在签订实习协议时，应当仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到保障。如果协议中存在违法或不合理的内容，应当及时与公司进行沟通协商，或者寻求法律援助。
- 对于公司而言，在签订实习协议时，应当遵守相关法律法规的规定，确保协议内容的合法性和合理性。同时，公司也应当建立完善的实习管理制度和转正考核机制，确保实习生的实习质量和转正的公平性。
可能存在的法律后果：
- 如果公司违反协议约定未将实习生转为正式员工，且无法提供合理的解释或赔偿，那么实习生有权向劳动仲裁机构申请仲裁或向人民法院提起诉讼，要求公司承担违约责任。
- 如果实习生在实习期间违反公司规章制度或法律法规的规定，给公司造成损失的，公司也有权要求实习生承担赔偿责任。
总之，公司和实习生签订保证实习后成为正式员工的协议，其合法性取决于协议内容是否违反法律法规的强制性规定以及双方是否在平等、自愿的基础上签订。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。