结论：公司先与员工签订3个月的实习合同，3个月后转正再签订正式劳动合同的做法，在特定条件下合法，但需注意合同性质与条款的合规性。以下从不同角度进行分析：

1. 实习合同与试用期的区别

• 实习合同：通常适用于学生或未毕业人员，以学习、实践为目的，不属于劳动关系，不受《劳动合同法》调整。若员工已毕业且以就业为目的，实习合同可能被认定为劳动合同，此时公司需按《劳动合同法》规定签订书面劳动合同。
• 试用期：是劳动合同的组成部分，受《劳动合同法》严格限制。试用期包含在劳动合同期限内，且劳动合同仅可约定一次试用期。若公司以“实习”名义规避试用期规定（如重复约定试用期），则违法。

2. 合法性分析

• 若员工为在校学生：
  签订实习合同合法，但需明确合同性质（非劳动关系），且不得约定违约金（除服务期、竞业限制外）。3个月后若员工毕业并继续工作，公司应立即签订书面劳动合同，否则需支付未签合同的双倍工资。
• 若员工已毕业：
  
  • 情况一：实习合同被认定为劳动合同（如合同内容符合劳动关系特征），则公司已与员工建立劳动关系，3个月后再次签订“正式合同”可能涉及重复约定试用期，违法。
    
  • 情况二：实习合同未被认定为劳动合同（如合同明确非劳动关系），则3个月后签订的劳动合同需符合《劳动合同法》规定（如试用期不超过1个月，且仅可约定一次）。若公司未及时签订，同样需支付双倍工资。

3. 法律风险与建议

• 风险点：
  
  • 混淆实习与劳动关系，导致未签合同、未缴社保等违法后果。
    
  • 重复约定试用期或试用期超期，需支付赔偿金（如试用期工资差额、违法解除赔偿等）。
    
• 建议：
  
  • 明确员工身份（在校生/毕业生），选择对应合同类型。
    
  • 若为毕业生，直接签订劳动合同并约定试用期（最长不超过6个月，根据合同期限确定），避免“实习”表述。
    
  • 确保合同条款合规，如试用期工资不低于正式工资的80%、不单独约定试用期合同等。

4. 特殊情形：以完成一定任务为期限的合同

• 若公司因项目需求与员工签订短期合同（如3个月），可签订以完成一定任务为期限的劳动合同，无需约定试用期。但任务完成后需及时续签或终止，否则需支付未签合同的双倍工资。

总结：公司做法是否合法，关键在于员工身份及合同性质。若涉及毕业生且合同被认定为劳动关系，则需严格遵守《劳动合同法》关于试用期、合同签订的规定。如有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。