结论：关于“实习三个月签一年合同是否合法”的问题，这主要取决于实习的性质以及双方对实习期的约定是否符合《中华人民共和国劳动合同法》中关于试用期的规定。若将这三个月视为试用期，则签订一年合同通常不合法，因为根据法律规定，一年以上不满三年的劳动合同，试用期不得超过二个月；但若这三个月并非严格意义上的试用期，或者双方有特殊约定且符合法律规定，则可能合法。以下是对此问题的详细分析：
法律分析
试用期的法律规定：
- 根据《劳动合同法》第十九条，劳动合同期限与试用期有明确的对应关系。具体来说，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
三个月实习期（试用期）的合法性：
- 如果双方将这三个月明确约定为试用期，并且签订的是一年期限的劳动合同，那么这种约定通常是不合法的，因为一年以上不满三年的劳动合同，试用期不得超过二个月。
- 若要合法地约定三个月的试用期，劳动合同的期限通常需要为三年以上（包括三年），或者双方有特殊约定（如完成特定工作任务为期限的合同，但这种情况较为少见且需严格符合法律规定）。
实习期与试用期的区别：
- 实习期通常适用于在校学生或初入职场者，旨在提升个人综合素质和工作适应能力，不一定构成劳动关系。
- 试用期则是劳动合同的一部分，包含在劳动合同期限内，是用人单位对劳动者是否符合录用条件进行考核的期限。
实际操作建议
明确实习期性质：
- 双方应明确这三个月是实习期还是试用期。如果是实习期，且实习生并非严格意义上的劳动者，双方可以签订实习协议，明确权利义务，而不受《劳动合同法》中试用期规定的限制。
- 如果是试用期，则必须遵守《劳动合同法》中关于试用期的规定，确保试用期的长度与劳动合同期限相匹配。
签订书面协议：
- 无论实习期还是试用期，都建议双方签订书面协议，以明确双方的权利义务，避免后续纠纷。
- 协议内容应真实、合法、不违背公序良俗，确保具有法律效力。
举例说明
- 合法案例：一家企业招聘新员工，与其签订了一份为期三年的劳动合同，并约定了三个月的试用期。在试用期内，企业对员工的工作表现进行全面考核评估，三个月后根据考核结果决定是否正式录用该员工。此做法完全符合法律规定。
- 违法案例：另一家公司与新员工签订了仅一年的劳动合同，却约定了三个月的试用期。这种做法违反了《劳动合同法》关于试用期与劳动合同期限对应关系的规定，因此是违法的。
特殊情况说明
- 如果双方约定的三个月实习期并非严格意义上的试用期，或者双方有特殊约定（如以完成特定工作任务为期限的合同），并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么可能是合法的。但这种情况较为少见，且需要严格符合法律规定。
总结与建议：在大多数情况下，如果双方将这三个月视为试用期，并且签订的是一年期限的劳动合同，那么这种约定通常是不合法的。为了确保合法性和避免纠纷，建议双方明确实习期的性质，并根据实际情况签订符合法律规定的书面协议。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。