核心结论：企业职工主动离职未提交书面辞职报告，仅电话答复后离职，企业可依据法律规定和内部制度处理，同时需关注可能面临的法律风险及应对措施。以下从企业处理方式及法律风险防范两个角度展开说明：
一、企业可采取的处理方式
确认离职事实及员工意愿
企业应第一时间与员工取得联系（如电话录音、短信、邮件等），确认其离职意愿的真实性及离职时间，并明确告知其未提交书面辞职报告可能违反公司制度及法律规定，要求其补交书面材料或通过其他书面形式（如邮件、微信）确认离职申请。
法律依据：根据《劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日（试用期三日）以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。虽未明确“书面形式”必须为纸质文件，但需满足可留存、可证明的要求（如邮件、签字文件）。
依据内部制度处理
若企业《员工手册》或劳动合同中明确规定“离职需提交书面申请，否则按旷工处理”，且该制度已通过民主程序制定并公示，企业可依据制度对员工按旷工处理，达到一定天数后解除劳动合同（需符合《劳动合同法》第三十九条关于严重违纪的规定）。
注意：若制度未明确规定或未公示，企业不得直接以旷工为由解除合同，否则可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。
办理离职交接手续
无论员工是否提交书面申请，企业均应要求其办理工作交接、归还财物、结清工资等手续。若员工拒绝配合，企业可暂缓办理离职证明（但不得扣押工资或档案），并通过法律途径主张损失赔偿。
二、企业需防范的法律风险及应对
违法解除风险
若企业未与员工协商一致，直接以“未提交书面辞职报告”为由解除合同，可能被认定为违法解除。员工可主张继续履行合同或要求支付赔偿金（2N）。
应对：企业应优先通过沟通补全书面材料，或按员工实际离职时间（如电话答复日）计算通知期，避免直接解除合同。
未及时办理离职手续的损失
若员工离职后未交接工作导致企业损失（如客户流失、数据泄露），企业可依据《劳动合同法》第九十条要求员工赔偿，但需证明损失与员工行为存在直接因果关系。
建议：企业应在员工离职时签订《离职交接清单》，明确交接内容及未交接的后果，保留相关证据。
未支付工资或经济补偿的争议
若员工主张企业未支付最后工资或未结算年休假、加班费等，企业需核实并支付。若员工以“未及时支付劳动报酬”为由被迫解除合同，企业还需支付经济补偿金（N）。
注意：企业应在离职时一次性结清工资，避免拖延。
三、实务建议
如有进一步疑问或需具体操作指导，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。