结论：小老板跑了，公司是否负责需分情况讨论，主要取决于公司的性质（如是否为独立法人）以及小老板的行为是否构成职务行为或公司行为。以下从不同角度详细分析：
一、公司为独立法人时的情况
公司独立承担责任：
- 如果公司是依法设立的独立法人（如有限责任公司或股份有限公司），那么公司具有独立的法律人格，能够独立承担民事责任。
- 在这种情况下，即使小老板（如股东或法定代表人）跑了，公司仍需对其债务和法律责任负责。员工可以依法向公司主张工资、福利等权益。
小老板的个人责任：
- 如果小老板的行为构成违法或犯罪（如挪用资金、职务侵占等），且这些行为与公司无关或超出公司授权范围，那么小老板个人需承担相应的法律责任。
- 员工在向公司主张权益的同时，也可以考虑向公安机关报案，追究小老板的个人责任。
二、公司非独立法人或小老板行为构成公司行为时的情况
公司非独立法人：
- 如果公司不是独立法人（如个体工商户、个人独资企业等），那么其法律责任通常由经营者（即小老板）个人承担。
- 在这种情况下，小老板跑了，员工可能难以直接向公司主张权益，而需要向小老板个人追讨工资、福利等。
小老板行为构成公司行为：
- 如果小老板的行为虽然以个人名义进行，但实际上是代表公司或为了公司利益，且这些行为在公司授权范围内或得到公司事后追认，那么这些行为可能被视为公司行为。
- 在这种情况下，即使小老板跑了，公司仍需对其行为承担法律责任。员工可以依法向公司主张权益。
三、法律建议
收集证据：
- 员工应尽可能收集与工资、福利等相关的证据，如劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等，以证明自己与公司之间的劳动关系和权益。
向公司主张权益：
- 如果公司仍在运营或存在，员工应首先向公司主张权益，要求公司支付拖欠的工资、福利等。
寻求法律援助：
- 如果公司无法联系或拒绝支付，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。
关注小老板的个人财产：
- 在必要时，员工还可以关注小老板的个人财产情况，以便在法律程序中申请财产保全或执行。
后续思考依据：在处理此类劳动纠纷时，关键在于明确公司的法律性质和小老板的行为性质。不同情况下，责任主体和追责方式可能有所不同。因此，员工在维护自己权益时，应充分了解相关法律法规和程序要求，并寻求专业法律人士的帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。