结论：总经理合同签的是标准工时制，是可以有加班费的。以下从多个角度进行分析说明：
一、标准工时制下的加班费规定
根据《劳动法》及相关规定，标准工时制是指劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时的工作制度。在标准工时制下，如果劳动者因工作需要，在法定工作时间之外继续工作，即构成加班，用人单位应当按照法律规定支付加班费。
工作日加班：用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资。
休息日加班：用人单位安排劳动者在休息日工作，而又不能安排补休的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付劳动者工资。
法定节假日加班：用人单位安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。
二、总经理作为劳动者同样适用加班费规定
总经理虽然在公司中担任高级管理职务，但其本质上仍然是劳动者，与公司之间存在劳动关系。因此，总经理的劳动合同中约定了标准工时制，那么其加班情况同样应当按照上述加班费的规定执行。
三、特殊情况下的加班费支付
当然，也存在一些特殊情况，如总经理的加班可能与其职务性质、工作内容等有关，且其工资结构中可能已经包含了部分加班费用或绩效奖励等。但这并不影响其按照法律规定主张加班费的权利。如果总经理认为公司未按照法律规定支付加班费，可以通过合法途径维护自己的权益。
四、建议与注意事项
保留加班证据：总经理在主张加班费时，应当保留好加班的相关证据，如加班通知、加班记录、工作成果等，以便在需要时提供证明。
与公司协商：在主张加班费前，总经理可以先与公司进行协商，尝试通过友好沟通解决问题。
寻求法律援助：如果协商无果，总经理可以寻求法律援助或咨询专业律师，了解自己的权益和维权途径。
总结：总经理合同签的是标准工时制，是可以有加班费的。在主张加班费时，总经理应当了解自己的权益和法律规定，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。