员工自动离职后，用人单位一般应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律法规基础
根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》的相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位负有立即结清员工工资的法定义务。这意味着，员工在离职当天就应收到其应得的全部工资。
二、工资结算时间的具体规定
合同约定优先：
- 如果劳动合同中有明确约定工资支付日期和方式，且该约定不违反法律法规，一般应按照合同执行。例如，合同约定每月15日发放工资，则即使员工自动离职，也应在该日结算并支付工资。但需注意，这种约定不能违反法律法规中关于工资支付时间的强制性规定。
即时结算原则：
- 依据法律规定，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资，即理论上应当立即结算并支付工资。这是保护劳动者合法权益的重要原则。
合理期限内结算：
- 实践中，部分用人单位可能会按照内部工资发放周期支付离职员工工资，如在下一个工资支付周期结算。但这种做法需确保期限合理，通常不应超过一个月，且应得到员工的同意或认可。否则，仍应遵循即时结算原则。若用人单位未能在合理期限内支付工资，员工有权通过法律途径维权。
三、特殊情况处理
- 经济损失赔偿：
- 如果员工自动离职给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同约定或规章制度规定，从员工工资中扣除相应的赔偿金额。但扣除需符合法定条件，即每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。同时，赔偿损失的扣除与工资的支付是两个独立的问题，用人单位不能以赔偿损失为由拒绝支付员工的正常工资。
四、维权途径与法律责任
协商解决：
- 首先，员工可以与用人单位协商解决工资结算问题。通过友好沟通，双方可以达成共识，快速解决纠纷。
劳动监察投诉：
- 协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉。劳动监察部门将责令用人单位限期支付工资，并可能对用人单位进行处罚。
劳动仲裁与诉讼：
- 若用人单位逾期仍不支付工资，员工可以申请劳动仲裁或提起诉讼来维护自己的合法权益。在此情况下，用人单位除需支付欠付的工资外，还可能面临加付赔偿金等法律责任。
总结与建议：
员工自动离职后，用人单位应严格按照法律法规要求，及时结清员工的工资。同时，员工也应了解自己的合法权益，并在必要时采取适当的维权措施来保护自己的合法权益。如果遇到用人单位无故拖延支付工资的情况，员工可以首先尝试与用人单位协商解决；协商无果的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
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