核心结论：实习期三个月转正后但毕业证未拿到，工资发放通常应按照转正后的标准进行，但具体发放方式可能因公司规定、双方约定及实际情况有所不同，以下分情况说明。
公司有明确规定且双方有约定：
- 若公司在转正政策或劳动合同中有明确规定，即员工在实习期满且满足一定条件（如通过考核）后即可转正，且转正后的工资标准不依赖于毕业证的取得，那么即使员工尚未拿到毕业证，公司也应按照转正后的工资标准进行发放。
- 若双方在签订劳动合同时或实习期间有特别约定，如“转正后工资发放以毕业证取得为前提”，但此约定若违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准等），则该约定可能无效，公司仍需按照转正后的实际工资标准进行发放。不过，在合法合规的前提下，若双方确实有此类约定，且员工同意，那么工资发放可能会受到一定影响，具体需根据约定内容来确定。但通常情况下，此类约定较为少见，且公司更倾向于按照实际工作表现和转正情况来发放工资。
公司无明确规定或双方无特别约定：
- 在没有明确规定或特别约定的情况下，公司应基于员工已实际转正的事实，按照转正后的工资标准进行发放。毕业证作为学历证明，虽然对于某些职位可能是一个重要的考量因素，但它并不直接决定员工的工资水平。工资水平更多地取决于员工的工作表现、职位价值以及公司的薪酬政策等因素。
- 若公司因员工未拿到毕业证而拒绝或延迟发放转正后的工资，员工有权与公司进行沟通协商，要求公司按照转正后的标准进行发放。若沟通无果，员工还可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益，如向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁等。
建议：
- 对于员工而言，在实习期满转正前，最好与公司就工资发放、转正条件等事项进行明确约定，并保留好相关证据（如劳动合同、转正通知、工资条等），以便在发生纠纷时能够维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应制定合法合规的薪酬政策，并明确转正条件和工资发放标准，以避免因规定不明确或约定不合法而引发的劳动纠纷。同时，公司也应尊重员工的合法权益，按照约定和实际情况及时足额发放工资。
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