针对您提出的“实习期结束但毕业证没拿到，公司应该如何处理”的问题，这确实是一个涉及实习期、试用期以及劳动关系确立等多个方面的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确实习期与试用期的本质区别：
实习期：这通常是在校学生利用课余时间参与社会实践的阶段，旨在提升学生的工作能力和综合素质。在实习期内，学生与用人单位之间签订的是实习协议，这种协议受民法典的约束，双方形成的是普通的劳务关系，而非劳动关系。因此，用人单位在实习期内有权随时与实习生解约。
试用期：这是用人单位和劳动者相互考察、匹配彼此预期和需求的一段时期。在试用期内，劳动者与用人单位签订的是劳动合同，双方形成的是劳动关系，劳动者的权利受到劳动法等法律法规的保护。
接下来，针对您的情况，即实习期结束但毕业证未拿到，公司应如何处理：
如果公司原本就计划以就业为目的与您签订劳动合同：
- 在您未拿到毕业证之前，公司仍然可以与您签订劳动合同，并接受您的劳动。此时，您应被视为公司的正式员工（尽管处于试用期，如果合同中有约定），享受相应的劳动权益。
- 如果公司因您未拿到毕业证而拒绝签订劳动合同或解除劳动关系，这可能构成违法解除，您有权要求公司支付相应的赔偿。
如果公司原本只与您签订了实习协议：
- 实习协议通常不涉及毕业后的就业问题，因此，在实习期结束后，如果公司没有与您签订劳动合同的意愿，您可能面临失业的风险。
- 但如果您在实习期间表现优秀，且公司愿意继续留用您，那么双方可以协商签订劳动合同，并明确试用期（如果适用）和转正条件。
关于毕业证未拿到的影响：
- 毕业证是证明您学历的重要文件，但在劳动关系中，它并不是决定性的因素。只要您能够提供其他证明您学历和能力的材料（如学生证、成绩单等），并且公司愿意接受，那么您仍然可以与公司签订劳动合同。
- 如果公司因您未拿到毕业证而对您产生疑虑，您可以与公司沟通，说明您即将毕业并拿到毕业证的情况，以及您对工作的热情和承诺。
实际操作建议：
- 与公司人力资源部门或直接上级进行沟通，明确双方对实习期结束后就业问题的期望和安排。
- 如果公司愿意留用您，尽快与公司签订劳动合同，并明确试用期、薪资、福利等关键条款。
- 如果公司不愿意留用您，开始寻找其他就业机会，并确保在找到新工作前与原公司妥善办理离职手续。
最后，我想强调的是，无论您处于实习期还是试用期，都应该了解自己的权益和义务，并与公司保持透明和诚实的沟通。如果遇到任何问题或纠纷，及时寻求法律援助或咨询专业人士的意见。希望这些解答能对您有所帮助！