结论：甲方以最终审计结果超付为由起诉追收工程款，是否有用取决于多个因素，包括合同约定、审计结果的合法性及合理性、诉讼时效等。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：如果双方在合同中明确约定了工程款的支付方式、审计流程以及审计结果作为最终结算依据等条款，且甲方能够证明按照合同约定的审计流程得出的结果确实显示超付，那么甲方的起诉追收在法律上是有一定依据的。此时，法院会根据合同约定来审查审计结果的合法性和合理性，进而判断甲方是否确实存在超付情况。
合同中无明确约定或约定不明：如果合同中没有明确约定审计结果作为最终结算依据，或者约定不明，那么甲方仅凭审计结果主张超付并起诉追收，可能会面临一定的法律障碍。此时，法院可能会结合其他证据，如工程实际完成情况、双方往来账目等，来综合判断工程款是否确实超付。
二、审计结果角度
审计结果的合法性和合理性：即使合同中约定了审计结果作为最终结算依据，但如果审计过程存在违法违规行为，或者审计结果明显不合理（如与工程实际完成情况严重不符），那么该审计结果可能不会被法院采纳。甲方以此为由起诉追收，也难以得到法院的支持。
审计结果的争议解决：如果双方对审计结果存在争议，且无法通过协商解决，那么可以依法申请司法鉴定或者通过诉讼程序来解决。在诉讼过程中，法院会委托具有相应资质的鉴定机构对工程款进行重新鉴定，并根据鉴定结果来作出判决。
三、诉讼时效角度
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。如果甲方在工程款执行到位后，长时间未对超付问题提出异议，且超过了诉讼时效期间，那么其起诉追收可能会因超过诉讼时效而被法院驳回。
四、实际操作建议
审查合同条款：甲方应首先审查合同中关于工程款支付、审计流程及审计结果作为结算依据的条款，确保自己的主张有合同依据。
收集证据材料：甲方应收集与工程款支付、审计过程及结果相关的所有证据材料，包括合同、往来账目、审计报告等，以便在诉讼中证明自己的主张。
咨询专业律师：由于工程款纠纷涉及复杂的法律问题和专业知识，甲方在起诉前应咨询专业律师，评估诉讼风险和可行性，并制定合适的诉讼策略。
总结：甲方以最终审计结果超付为由起诉追收工程款是否有用，取决于合同约定、审计结果的合法性和合理性以及诉讼时效等多个因素。在实际操作中，甲方应谨慎评估自己的主张和证据材料，并咨询专业律师以制定合适的诉讼策略。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。