针对您提出的“工程甲方自己审计没有经乙方签字确认三年后甲方说工程款付超了要求退还有道理”这一问题，以下是我的详细分析和回答：

1. 审计程序与签字确认的重要性

在工程款结算过程中，审计是一个关键环节。通常，审计结果需要经过双方（甲方和乙方）的确认，以确保其公正性和准确性。如果甲方自行进行审计，且未经过乙方的签字确认，那么这份审计报告在法律效力上可能会受到质疑。因为乙方作为合同的一方，有权对审计结果进行审核和确认，以确保其自身权益不受损害。

2. 三年后提出退还要求的合理性

从时间角度来看，甲方在工程款结算完成后三年才提出退还要求，这本身就存在一定的不合理性。因为工程款结算是一个及时性的过程，双方应该在结算完成后尽快确认并支付款项。如果甲方在三年后才提出退还要求，那么乙方可能会因为时间过长而难以核实相关情况，甚至可能已经无法找到相关的证据来支持自己的立场。

3. 法律后果与建议

• 法律后果：如果甲方坚持要求乙方退还超付的工程款，而乙方又不同意，那么双方可能会陷入法律纠纷。在这种情况下，法院或仲裁机构将会根据双方提供的证据和相关法律法规来做出裁决。如果甲方的审计报告未经乙方确认，且时间过长导致证据难以核实，那么甲方可能会面临败诉的风险。

• 建议：

  • 对于甲方：如果确实认为工程款付超了，应该尽快与乙方进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径来解决争议，但需要确保有充分的证据来支持自己的主张。
  • 对于乙方：如果不同意甲方的退还要求，应该积极收集相关证据来支持自己的立场。同时，也可以考虑与甲方进行进一步的沟通协商，以寻求双方都能接受的解决方案。如果争议无法通过协商解决，那么乙方应该做好通过法律途径来维护自己权益的准备。

综上所述，甲方自己审计没有经乙方签字确认三年后要求退还工程款的做法在法律上可能存在不合理之处。双方应该通过沟通协商来寻求解决方案，如果无法协商解决，则可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。