在甲方起诉乙方工程款超付的案件中，乙方应从多个角度进行抗辩。

一. 抗辩已付款与应付款金额未确定

1. 超付款的计算依据：超付款=已付款-应付款。甲方起诉乙方返还超付款，应首先证明已付款和应付款的具体金额。根据合同约定，工程需完成结算程序后才能确定最终结算金额，即应付款金额。若双方尚未完成结算程序，则应付款总额尚未确定，超付款也就无法计算。

   • 例如，甲方声称已付800万，但合同总价为500万，要求返还300万。但如果结算程序未完成，这300万是否超付就无从谈起。

2. 结算程序的履行：乙方应指出，已按约向甲方递交了结算报告，启动了结算程序。而甲方未按约推进结算，未提出初审意见，也未答复乙方。这表明结算程序的拖延是由甲方造成的，乙方不应承担因此导致的超付款责任。

二. 抗辩固定总价不等于最终结算价款

1. 合同约定的固定总价：虽然合同中约定了固定总价，但该固定总价并不等同于最终结算价款。合同中通常还会约定变更、洽商、签证等增加内容在工程完工结算时统一计算。

   • 例如，合同中可能规定，除固定总价外，现场变更、洽商、签证等资料也是结算的依据。

2. 合同外增项内容：乙方应搜集并整理甲方签字的变更单、签证单，以及工程履约过程中的往来沟通记录、微信聊天、照片等材料，作为证据提交。这些证据可以证明合同实际履行中发生了大量合同外内容，这些内容显然不含在合同约定的固定总价之内。

三. 视情况提起反诉

1. 反诉的策略：为了防止甲方缠诉，乙方可以视情况提起反诉，要求甲方支付因工程变更、窝工损失等产生的额外费用。这不仅可以给对方施加压力，还可以抵销对方的诉讼请求金额。

   • 例如，乙方可以提出因甲方变更设计导致的材料款增加、窝工损失等反诉请求。

2. 反诉的准备：提起反诉需要准备反诉状和反诉证据，以支持乙方的反诉请求。如果法庭在本案中不受理反诉，乙方可以考虑另案起诉。

我建议：乙方应积极准备抗辩材料和证据，从多个角度进行抗辩。同时，视情况提起反诉，以维护自身合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。