针对工程款付超后乙方停工的问题，核心结论是：需根据合同条款、付款事实及停工原因，通过协商、发函催告或法律途径解决，具体分情况处理如下：

1. 核查合同条款与付款事实

• 合同约定：首先需审查施工合同中关于工程款支付方式（如预付款、进度款、结算款）、付款条件（如验收合格后支付）、超付责任（如是否允许抵扣后续工程款或要求返还）等条款。若合同明确约定超付时乙方应继续施工，则乙方停工可能构成违约。
• 付款凭证：整理所有付款记录（如银行转账、发票、收据等），确认实际支付金额是否确实超过合同约定或双方确认的工程量对应的价款。若存在计算错误或重复支付，需固定证据。

2. 分析乙方停工的合法性

• 合法停工情形：若乙方停工是因甲方未履行合同义务（如未提供施工条件、未按时支付其他款项），或因不可抗力、政府指令等法定原因，则乙方可能不承担违约责任。但需注意，超付工程款本身通常不构成乙方停工的合法理由，除非合同另有约定。
• 违法停工后果：若乙方无正当理由停工，甲方可依据合同要求乙方承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失），甚至解除合同并要求返还超付部分。

3. 分情况处理建议

• 情况一：合同有明确约定
  若合同约定超付时乙方应继续施工或甲方有权直接抵扣后续款项，可向乙方发函要求其复工，并明确超付部分将从后续工程款中扣除。若乙方拒绝，可依据合同主张违约责任。
• 情况二：合同无明确约定
  
  1. 协商解决：与乙方沟通，要求其提供停工的合法理由及复工计划。若乙方承认超付但主张资金周转问题，可协商分期返还超付部分或调整付款节奏。
     
  2. 发函催告：若协商无果，向乙方发送《复工通知书》，明确要求其限期复工，并告知逾期将采取法律措施（如解除合同、索赔等）。
     
  3. 法律途径：
     
     • 返还超付款项：若乙方无合法依据占有超付资金，可起诉要求返还（案由：不当得利纠纷）。
       
     • 索赔损失：若停工导致工期延误、材料浪费等损失，可一并主张赔偿（案由：建设工程施工合同纠纷）。
       
     • 解除合同：若乙方长期停工且无复工可能，可依据《民法典》第806条解除合同，并要求乙方返还超付部分及赔偿损失。

4. 预防措施

• 完善合同条款：未来合同中应明确超付工程款的处理方式（如抵扣、返还期限、违约责任），避免争议。
  
• 严格付款审核：付款前核对工程量清单、验收报告等文件，确保付款金额与实际进度匹配。
  
• 保留证据：所有付款、沟通记录均需留存书面证据，以备后续维权。

提示：工程款纠纷涉及金额较大且法律关系复杂，建议根据具体证据材料制定方案。若有进一步疑问或需协助起草法律文书，可直接向我咨询。