违法建设未发函给自然资源局认定违法性质，确实可能构成程序违法，但具体是否构成需结合实际情况判断。以下从多个角度进行分析：
一、程序合法性的基本要求
在处理违法建设问题时，行政机关（如城市管理综合执法部门）通常需要遵循一定的程序要求。这些程序要求旨在确保行政行为的合法性、公正性和透明度。其中，向相关部门（如自然资源局）发函请求认定违法建设的性质，是程序中的一个重要环节。这一环节有助于行政机关准确了解违法建设的具体情况，包括其是否违反了土地利用规划、城乡规划等相关法律法规，从而为后续的处理提供依据。
二、未发函可能导致的程序违法
程序缺失：如果行政机关在处理违法建设时，未按照法定程序向自然资源局发函请求认定违法性质，那么这一行为可能构成程序缺失。程序缺失会影响行政行为的合法性和有效性，因为行政机关未能充分履行其调查和认定的职责。
事实认定不清：未发函可能导致行政机关对违法建设的性质认定不清。自然资源局作为土地和规划的主管部门，其认定意见对于准确判断违法建设的性质至关重要。如果行政机关未征求自然资源局的意见，就自行认定违法建设的性质，那么这一认定可能缺乏充分的事实依据，从而构成程序违法。
三、例外情况与判断标准
当然，并非所有未发函给自然资源局认定违法性质的行为都必然构成程序违法。以下是一些可能的例外情况：
紧急情况：在紧急情况下，如违法建设正在进行中且可能对公共安全造成严重威胁时，行政机关可能无需事先发函给自然资源局，即可立即采取强制措施。但这种情况下的程序简化需有明确的法律依据，并且事后需及时补办相关手续。
已有明确认定：如果行政机关在处理违法建设前，已经通过其他途径（如之前的调查、其他部门的认定意见等）获得了关于违法建设性质的明确认定，那么可能无需再次发函给自然资源局。但这种情况下的认定需确保准确无误，并且有充分的证据支持。
法律法规的特别规定：某些特定的法律法规可能对违法建设的处理程序有特别规定。如果这些规定中未要求行政机关必须发函给自然资源局认定违法性质，那么行政机关未发函的行为可能不构成程序违法。
四、法律建议
对于行政机关而言，为了确保处理违法建设行为的合法性和有效性，建议遵循以下原则：
严格遵守法定程序：在处理违法建设时，行政机关应严格按照法定程序进行，包括向相关部门发函请求认定违法性质等环节。
确保事实认定准确：行政机关应确保对违法建设的性质认定准确无误，避免因事实认定不清而导致的程序违法或实体错误。
及时补办手续：在紧急情况下或因其他特殊原因未能事先发函给自然资源局的，行政机关应在事后及时补办相关手续，以确保行政行为的合法性和有效性。
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