违法建设处罚程序的适用需根据违法建设的具体性质和阶段，分别适用住建部门或自然资源部门的处罚程序规定，具体如下：

1. 规划许可阶段违法建设
   若违法建设涉及未取得建设工程规划许可证或未按照规划许可内容进行建设，属于城乡规划领域违法行为，应适用《中华人民共和国城乡规划法》及《自然资源行政处罚程序暂行规定》。自然资源部门作为城乡规划主管部门，负责查处违反规划许可的建设行为，包括责令停止建设、限期改正、罚款、没收实物或违法收入等措施。

2. 施工许可阶段违法建设
   若违法建设涉及未取得施工许可证擅自施工，或违反施工管理规定（如未按照施工图设计文件施工、未经验收擅自投入使用等），则属于建筑工程施工管理领域违法行为，应适用《中华人民共和国建筑法》及《住房和城乡建设行政处罚程序规定》。住建部门作为建筑工程施工主管部门，负责查处违反施工许可、施工管理规范的行为，包括责令停工、罚款、吊销资质证书等措施。

3. 土地使用阶段违法建设
   若违法建设涉及非法占用土地（如未取得用地批准文件擅自建设、占用耕地或基本农田等），则属于土地管理领域违法行为，应适用《中华人民共和国土地管理法》及《自然资源行政处罚程序暂行规定》。自然资源部门作为土地管理部门，负责查处非法占地行为，包括责令退还土地、限期拆除、罚款等措施。

实务建议：

• 违法建设的处罚程序需结合具体违法行为性质（规划、施工、土地）和阶段（前期用地、中期施工、后期使用）综合判断。
  
• 若同一违法建设同时涉及多个领域违法行为（如既未取得规划许可又未取得施工许可），可能面临多部门联合处罚或按主要违法行为定性处罚。
  
• 处罚程序需严格遵循《行政处罚法》规定的立案、调查、告知、听证、决定等流程，确保程序合法性。
  

如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。