在建设工程规划核实中未发现违法建设，通常意味着该建设工程符合规划要求，可按照以下情况处理：
- 正常推进后续程序：既然未发现违法建设，规划核实部门一般会出具规划核实合格意见。建设单位可凭借该合格意见，继续办理后续的竣工验收备案、不动产登记等相关手续，使建设工程顺利投入使用。例如，一个商业综合体项目，在规划核实中未发现违法建设情况，规划部门出具合格意见后，建设单位就能着手进行消防、环保等专项验收，之后办理竣工验收备案，最终办理房产证，将商业综合体投入运营。
- 资料归档与备案：规划核实部门会将此次规划核实的相关资料，包括申请材料、核实过程记录、核实结果等，进行整理归档。这些资料不仅是建设工程合法性的重要证明，也为后续的城市规划管理、建筑维护改造等提供参考依据。比如，若干年后对该区域进行规划调整或对该建筑进行改造时，这些归档资料就能发挥重要作用，确保改造符合原有规划和相关要求。
- 监督与后续跟踪：虽然此次规划核实未发现违法建设，但规划部门仍可能会在一定时期内对该建设工程进行后续跟踪监督。主要是查看建设工程在使用过程中是否出现擅自改变规划用途、进行违法搭建等违反规划要求的行为。例如，某住宅小区在规划核实时没问题，但入住后部分业主私自将阳台封闭扩建，规划部门在后续跟踪中发现后，会依法责令业主恢复原状。
如果在规划核实过程中，虽然未发现明显的违法建设行为，但存在一些与规划要求不完全相符的细微情况，规划核实部门会根据具体情况进行处理：
- 要求整改：对于一些不影响整体规划布局和安全，但与规划图纸存在一定偏差的情况，如建筑外立面颜色与规划略有差异、部分绿化景观未完全按照规划实施等，规划核实部门会要求建设单位进行整改，使其完全符合规划要求。建设单位需在规定期限内完成整改，并再次申请规划核实。例如，一个住宅项目外立面颜色比规划稍深，规划部门要求建设单位重新粉刷，达到规划要求的颜色标准。
- 特殊情况说明与认定：若存在一些因客观原因导致无法完全按照规划实施，但又不影响规划整体效果和公共利益的情况，建设单位可向规划核实部门提出说明，申请特殊情况认定。规划核实部门会组织相关专家进行论证，根据论证结果作出相应处理。比如，因地质条件特殊，某建筑的基础埋深比规划略浅，但经专家论证不影响建筑安全和规划实施，规划核实部门可能会认可这种情况。
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