违法建设两年内未被发现的，并不意味着该建设行为就合法化或不受处理，行政机关仍可依法进行查处，但可能面临一定的执法限制或程序要求。具体分析如下：
行政处罚的时效性：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。但这一规定主要适用于一般的行政违法行为，对于违法建设这类持续性的违法行为，其时效性的计算可能有所不同。
- 违法建设行为一旦完成，其违法状态即持续存在，因此，即使建设行为本身发生在两年前，但只要该违法建设仍然存在，行政机关就有权进行查处。不过，在实际操作中，如果违法建设行为在两年内未被行政机关发现，行政机关在查处时可能会面临一定的困难，如证据收集、违法事实认定等。
违法建设的查处程序：
- 对于违法建设，行政机关通常需要经过立案、调查取证、审查决定、送达执行等程序进行查处。在调查取证阶段，行政机关需要收集足够的证据来证明违法建设的存在以及违法建设的具体情况。
- 如果违法建设行为在两年内未被发现，行政机关在查处时可能需要更加谨慎地收集证据，以确保违法事实的清楚和证据的充分。同时，行政机关也需要考虑违法建设的具体情况，如是否对公共安全、城市规划等造成严重影响，以决定是否采取强制拆除等严厉措施。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如违法建设行为涉及重大公共利益、社会影响恶劣等，行政机关可能会不受两年时效的限制，仍然对违法建设进行查处。
- 此外，如果违法建设行为在两年内被部分发现或有所察觉，但行政机关因故未能及时查处，那么该时效期间可能会因中断而重新计算。
建议：
- 对于违法建设行为，无论是否被发现或查处，都应当尽快采取措施进行整改或拆除，以避免可能的法律风险和损失。
- 如果您是违法建设的建设者或所有者，建议您主动向行政机关报告违法建设情况，并积极配合行政机关的查处工作，以争取从轻或减轻处理。
- 如果您对违法建设的查处有异议或认为行政机关的查处行为存在违法之处，您可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。