建设项目违法建设行为超过两年未被发现，并不直接决定是否适用新行政处罚法，而需根据违法行为的性质、危害后果及法律具体规定来判断。
一般规定与期限计算：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，违法行为在二年内未被发现的，通常不再给予行政处罚。这一“二年”期限的计算，对于非连续或继续状态的违法行为，从违法行为发生之日起计算；若违法行为有连续或者继续状态，则从行为终了之日起计算。
违法建设行为的特殊性：
- 违法建设行为，如未取得建设工程规划许可证或未按照许可证规定进行建设，其带来的建设工程质量安全隐患和违反城乡规划的事实可能始终存在。因此，这类违法行为往往被视为有继续状态，其行政处罚的追究时效从行为终了之日起计算。
- 这意味着，即使违法建设行为已经超过两年未被发现，但只要违法建筑仍然存在，执法机关仍可以依法追究其违法责任。
新行政处罚法的适用：
- 新行政处罚法在适用上并不直接受违法行为发生时间或发现时间的限制，而是根据违法行为的性质、情节、社会危害程度以及法律的具体规定来决定是否给予行政处罚。
- 对于违法建设行为，如果其行为性质、情节或社会危害程度符合新行政处罚法的相关规定，且未超过法定的追究时效，那么执法机关可以依据新法对其进行处罚。
综上所述，建设项目违法建设行为超过两年未被发现，并不直接决定其是否适用新行政处罚法。而是需要根据违法行为的性质、危害后果以及法律的具体规定来综合判断。如果违法行为有连续或继续状态，且未超过法定的追究时效，那么执法机关仍有权依法对其进行处罚。因此，建议相关当事人或企业在进行建设活动时，务必遵守相关法律法规，确保建设项目的合法性和合规性。