违法建设被发现时，并不直接意味着就开始了二年内处罚的倒计时，处罚时效的起算点需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、处罚时效的一般规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
二、违法建设处罚时效的起算点
一般情况：
- 对于违法建设行为，如果其不具有连续或继续状态（即一次性完成的违法行为），那么处罚时效的起算点通常是违法行为发生之日。但这里的“被发现”并非指行政机关或相关部门的实际发现，而是指违法行为在客观上应当被发现的日期（理论上或推定上的发现日期），或者实际被发现的日期（如果能够明确证明）。然而，在实务中，由于违法建设的隐蔽性，往往难以确定一个确切的“应当被发现”的日期，因此更多是以实际发现日期为准，但需有证据支持。不过，更准确的起算点理解应是违法行为完成之日，若此后两年内未被行政机关实际查处，则可能不再处罚。但此处为便于理解，我们按“被发现”的通常理解继续阐述，需注意这并非严格法律定义。
- 关键点：若违法建设行为在完成后两年内未被行政机关实际发现并启动处罚程序，则可能不再受处罚。但“被发现”需有实际证据支持，且并非简单指有人看到或知道，而是指行政机关开始调查或采取相关措施。
特殊情况（连续或继续状态）：
- 如果违法建设行为具有连续或继续状态（如持续进行的建设活动），那么处罚时效的起算点则是行为终了之日。即，只要违法建设行为在持续进行中，无论已经进行了多久，行政机关都有权在其终了后的两年内进行处罚。
- 举例：如果某违法建设从2020年1月1日开始，一直持续到2022年12月31日才完成，那么行政机关在2024年12月31日之前都有权对其进行处罚（假设没有其他特殊规定延长时效）。
三、实务中的注意事项
- 证据收集：对于违法建设行为的处罚时效问题，关键在于证据的收集。行政机关需要证明违法建设行为的发生时间、持续状态以及何时被发现或应当被发现。
- 法律适用：不同地区的法律法规可能对违法建设行为的处罚时效有具体规定或补充解释，因此在实际操作中需要结合当地法律法规进行判断。
- 行政机关的主动性：行政机关在发现违法建设行为后，应主动启动处罚程序，避免因拖延而导致超过处罚时效。
四、建议
- 对于违法建设者：应尽快停止违法行为，并主动与行政机关沟通，寻求合法合规的解决方案。避免因拖延而导致更严重的法律后果。
- 对于行政机关：应加强对违法建设行为的监管和查处力度，确保及时发现并处理违法行为。同时，在处罚过程中应严格遵守法律法规规定的时效要求。
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