结论前置：未取得施工许可证的项目已完工超过两年，是否还要行政处罚，取决于违法行为的性质、是否持续以及是否造成危害后果。具体来说，如果违法行为有连续或继续状态，或者涉及公民生命健康安全且有危害后果，那么即使已经超过两年，仍有可能面临行政处罚。

详细分析：

1. 相关法律依据：

   • 根据《建设工程质量管理条例》的相关规定，未取得施工许可证擅自施工的，将面临责令停止施工、限期改正、罚款等行政处罚。
   • 同时，《行政处罚法》第三十六条规定了处罚时效，即违法行为在两年内未被发现的，不再给予行政处罚。但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，追诉期限延长至五年。违法行为有连续或继续状态的，从行为终了之日起计算追诉时效。

2. 处罚时效的具体判断：

   • 如果未取得施工许可证的项目在完工后，没有持续进行违法活动，且自该违法行为发生之日起超过两年未被行政机关发现，那么通常不再给予行政处罚。
   • 然而，如果项目虽然完工，但违法行为具有继续状态，例如项目一直在使用中且未取得合法手续，或者项目存在安全隐患等危害后果，那么行政机关在追诉期限内仍可依法进行处罚。

3. 实际法律应用：

   • 在实际法律应用中，行政机关会综合考虑违法行为的性质、持续时间、危害后果等因素，来决定是否给予行政处罚。
   • 如果项目已经完工超过两年，且没有持续违法或造成危害后果，那么行政机关可能不会再进行处罚。但如果存在上述情况，那么仍有可能面临行政处罚。

法律建议：

• 对于已经完工超过两年的未取得施工许可证的项目，建议建设单位尽快咨询专业律师（如我），了解具体的法律风险，并制定相应的应对策略。
• 如果项目存在持续违法或危害后果的情况，应尽快采取措施进行整改，以避免可能的行政处罚和法律风险。
• 在未来的项目中，建设单位应严格遵守相关法律法规，确保在取得施工许可证后再进行施工活动，以避免类似的法律风险。