结论前置：股东法人同意退出私下签协议，这种做法在法律上存在一定风险，不建议仅通过私下协议来处理股东退出事宜。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律合规性角度
公司章程与股东协议的约束：
- 股东退出通常受到公司章程和股东协议的严格约束。这些文件可能规定了股东退出的条件、程序、股权转让的方式以及价格确定机制等。
- 如果私下签订的协议与公司章程或股东协议中的规定相冲突，那么该私下协议可能因违反公司内部规定而无效或无法执行。
法律法规的遵循：
- 股东退出涉及股权转让，必须遵循《公司法》等相关法律法规的规定。例如，股权转让需要经过其他股东过半数同意（对于有限责任公司），并可能需要办理工商变更登记等手续。
- 私下签订的协议如果未遵循这些法定程序，可能面临法律上的无效风险，甚至可能引发法律纠纷。
二、协议效力与风险角度
协议效力问题：
- 私下签订的协议，如果未经过公司正式程序（如股东会决议、董事会批准等），可能被视为无效或可撤销。
- 此外，如果协议内容存在欺诈、胁迫、显失公平等情形，也可能影响协议的效力。
潜在风险：
- 私下签订协议可能导致股东之间的信任破裂，进而引发法律纠纷。
- 如果协议内容不明确或存在漏洞，可能给未来执行带来困难，甚至导致股东权益受损。
三、实际操作建议角度
遵循公司章程与股东协议：
- 在处理股东退出事宜时，应首先查阅公司章程和股东协议，了解其中关于股东退出的具体规定。
- 按照公司章程和股东协议的规定，通过正式程序（如召开股东会、董事会等）来处理股东退出事宜。
签订正式协议并办理相关手续：
- 在股东退出过程中，应签订正式的股权转让协议，并明确双方的权利义务、股权转让价格、支付方式等关键条款。
- 根据法律法规和公司章程的规定，办理工商变更登记等手续，确保股权转让的合法性和有效性。
寻求专业法律意见：
- 在处理股东退出事宜时，建议寻求专业律师的法律意见，以确保整个过程的合法性和合规性。
- 律师可以协助起草或审查股权转让协议，提供法律风险评估和防范建议，帮助股东更好地维护自身权益。
总结与进一步思考：股东法人同意退出私下签协议的做法存在法律风险，不建议仅通过私下协议来处理。为了确保股东退出的合法性和合规性，应遵循公司章程和股东协议的规定，通过正式程序处理，并签订正式的股权转让协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。