结论：在符合相关法律规定和程序的前提下，农村自建房和继承房都办了不动产证后，卖了自建房而留下继承房是合法的。

分析说明：

1. 不动产证的法律效力：

   • 不动产证，即不动产权属证书，是权利人享有该不动产物权的证明。在农村自建房和继承房都办理了不动产证的情况下，这两处房产均得到了法律的确认和保护，权利人可以依法对其进行处分，包括出售、赠与、继承等。

2. 出售自建房的合法性：

   • 权利人在拥有自建房的不动产证后，有权依法出售该房产。只要出售行为符合相关法律法规的规定，如签订了合法的买卖合同、办理了过户登记等，那么出售自建房的行为就是合法的。

3. 留下继承房的合法性：

   • 继承房作为权利人合法继承的财产，其所有权同样受到法律的保护。权利人在出售自建房的同时，选择留下继承房，并不违反任何法律规定。只要继承房的所有权没有争议，且权利人没有违反相关法律法规对继承房进行处分（如非法转让、抵押等），那么留下继承房的行为就是合法的。

4. 需要注意的法律问题：

   • 在进行房产交易时，务必确保交易行为的合法性和合规性，包括签订合法的买卖合同、办理过户登记等。
   • 如果继承房存在所有权争议或权利人存在其他法律纠纷，可能会影响继承房的合法性和处分权。因此，在进行相关交易前，建议权利人先解决所有可能存在的法律问题。

特殊场景：

• 如果农村自建房或继承房存在抵押、查封等限制处分的情况，那么权利人在未解除这些限制前，是无权进行出售或处分的。否则，可能会面临法律责任和纠纷。

行动建议：

• 在进行房产交易前，建议权利人先咨询专业的法律人士或机构，了解相关法律法规和交易程序，确保交易行为的合法性和合规性。
• 如果对房产的所有权或处分权存在疑问或争议，建议及时通过法律途径解决，以避免不必要的法律风险和纠纷。

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