结论：农村父母2006年将村房卖给城镇子女并已办理房产证，这一行为在法律上可能存在问题，主要涉及到农村房屋买卖的合法性以及城镇子女购买农村房屋的资格问题，该买卖行为可能不合法。
分析：
农村房屋买卖的合法性：
- 根据相关法律法规，农村房屋的买卖通常受到一定的限制，特别是当涉及到非集体经济组织成员（如城镇居民）购买农村房屋时。这是因为农村房屋的买卖往往与宅基地的使用权紧密相连，而宅基地的使用权是集体经济组织成员特有的权益。
- 在2006年，虽然相关法律法规可能尚未如今日这般完善，但原则上，农村房屋的买卖应当遵循集体经济组织内部的流转原则，即通常只能在同一集体经济组织成员之间进行。
城镇子女购买农村房屋的资格：
- 城镇子女作为非集体经济组织成员，一般不具备购买农村房屋的资格。这是因为宅基地的使用权是集体经济组织成员基于其身份而享有的，不能随意转让给非成员。
- 如果城镇子女购买了农村房屋，并办理了房产证，这并不意味着该买卖行为就完全合法。因为房产证的办理可能只是基于当时的行政程序或地方政策，而并不一定符合法律法规的实质性要求。
法律后果：
- 如果该买卖行为被认定为不合法，那么城镇子女可能无法真正获得房屋的所有权，即使他们已经办理了房产证。
- 在极端情况下，如果相关部门或集体经济组织提出异议，城镇子女可能面临房屋被收回、买卖合同被撤销等法律风险。
建议：
- 对于已经发生此类买卖行为的城镇子女，建议尽快咨询专业律师，了解具体的法律风险和可能的解决方案。
- 如果正在考虑购买农村房屋，城镇子女应当谨慎行事，确保自己具备购买资格，并了解相关的法律法规和政策要求。
- 农村父母在出售房屋时，也应当了解相关的法律法规和政策要求，确保买卖行为的合法性，避免给子女带来不必要的法律风险。
额外思考：
- 需要注意的是，随着时间的推移和法律法规的完善，农村房屋买卖的政策和规定可能也在不断变化。因此，在处理此类问题时，应当充分考虑当时的法律法规和政策环境。
- 如果涉及到的房屋买卖行为发生在多个地区或涉及多个法律法规，情况可能会更加复杂。在这种情况下，更需要专业律师的协助来理清法律关系和风险点。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。