城市户口在农村有房产证的情况，需要具体分析其合法性。

首先，从法律层面来看，《土地管理法》明确规定，农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。同时，国土资源部《关于加强农村宅基地管理的意见》中也规定，严禁城镇居民在农村购置宅基地，严禁为城镇居民在农村购买和违法建造的住宅发放土地使用证。这意味着，城镇居民（即城市户口持有者）在正常情况下是不能在农村购置宅基地并获取房产证的。

进一步地，2025年中央一号文件也明确提出了两个“不允许”：不允许城镇居民到农村购买农房、宅基地，不允许退休干部到农村占地建房。这一政策底线进一步强调了城镇居民不能在农村购买住房或宅基地的法律规定。

然而，也存在一些特殊情况。比如，有些城市户口的人可能因继承、赠与或其他合法方式获得了农村房产，并在此基础上办理了房产证。这种情况下，虽然持有者具有城市户口，但其对农村房产的拥有是合法的，因为他是通过合法途径获得的房产。

综上所述，城市户口在农村有房产证的合法性取决于其获得房产的途径。如果是通过非法途径（如购买宅基地）获得的，那么这种房产证是不合法的。如果是通过合法途径（如继承、赠与）获得的，并且符合相关法律法规的规定，那么这种房产证就是合法的。但无论如何，城镇居民都不能在农村新购置宅基地或建房，这是法律和政策明确规定的。