针对您提出的“农村户口不在本村的房屋是否合法”的问题，这主要涉及到农村宅基地的使用权和房屋建设的相关规定。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，农村宅基地的使用权是受到严格限制的。根据相关法律法规，农村住宅用地只能分配给本村村民，农村宅基地使用权也只能在本村居民之间流转，而不能流出本村。这意味着，如果您不是本村村民，即您的户口不在本村，那么您通常是不具备在本村获得宅基地使用权并建设房屋的资格的。
接下来，我们分析几种可能的情况：
历史遗留问题：在某些特殊情况下，可能存在一些历史遗留的房屋，这些房屋可能是在相关法律法规出台之前建设的，或者由于某些特殊原因（如继承、赠与等）而存在于非本村村民名下。对于这类房屋，其合法性可能需要根据具体情况进行评估，并可能需要遵循特定的程序进行确权或处理。
非法建设：如果您不是本村村民，却在本村建设了房屋，且没有获得相关主管部门的批准，那么这种房屋很可能被视为非法建设。根据《土地管理法》等相关法律法规，非法占用土地建住宅的，可能会面临责令退还非法占用的土地、限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋等处罚。
合法租赁或居住权：虽然非本村村民不能通过买卖房屋所有权的方式获得本村宅基地上房屋的使用权，但您可以通过租赁的方式或者设立居住权的方式合法地使用本村宅基地上的房屋。这种方式需要遵循相关的法律法规和合同约定，确保双方的权益得到保障。
综上所述，农村户口不在本村的房屋，在大多数情况下是不合法的，特别是当这种房屋建设没有获得相关主管部门的批准时。然而，也存在一些特殊情况，如历史遗留问题或合法租赁/居住权等，这些情况需要根据具体情况进行评估和处理。
因此，我建议您在考虑在本村建设房屋或购买房屋时，务必先了解清楚相关的法律法规和政策要求，确保自己的行为合法合规。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询当地的土地管理部门或法律专业人士。