针对您提出的“户口不在本村，但1999年卖的宅基地上的房子是否合法”的问题，这需要结合具体的法律法规和政策来进行分析。

首先，我们要明确的是，宅基地使用权是农民基于其身份而无偿取得的，用以保障农民的生活、耕作和居住权益，它具有社会福利和社会保障的功能。宅基地原则上只能由宅基地使用权人利用宅基地建造住宅及附属设施供其居住和使用，并且，宅基地的转让是受到严格限制的，特别是不能将宅基地使用权转让给非本农民集体经济组织成员。

接下来，我们根据您提到的时间点1999年来具体分析。在1999年《国务院办公厅关于加强土地转让管理严禁炒卖土地的通知》（国办发〔1999〕39号）印发之前，有一些特殊情况下的宅基地或房屋转让是被允许的，比如回原籍村庄、集镇落户的职工、退伍军人、离（退）休干部以及回乡定居的华侨、港澳台同胞等，他们原在农村合法取得的宅基地，或因合法取得房屋而占用宅基地的，在符合一定条件下是可以确权登记的。然而，这一政策并不适用于所有非本村户口的人员购买宅基地上的房屋。

对于您的情况，如果户口不在本村，且并非上述提到的特殊情况之一，那么在1999年购买宅基地上的房屋，很可能是不符合当时法律法规和政策规定的。特别是如果这一购买行为发生在“国办发〔1999〕39号”文件印发后，那么根据该文件的精神，城市居民违法占用宅基地建造房屋、购买农房的，是不予登记的，这也从侧面说明了这种行为的非法性。

此外，从更一般的法律原则来看，非本农民集体经济组织成员购买宅基地上的房屋，往往因为不具备受让该宅基地使用权的主体资格，而导致签订的房屋买卖合同无效。这一点在相关的法院判决中也有所体现，比如原告不属于涉案宅基地所在地的集体经济组织成员，其购买宅基地的行为就因违反了法律、行政法规的禁止性规定而被认定为无效合同。

综上所述，如果您的户口不在本村，且并非在特定政策允许的情况下，那么1999年购买的宅基地上的房屋很可能是不合法的。如果您对此仍有疑问或需要进一步的法律帮助，建议您咨询专业的法律人士或相关部门进行详细的了解和咨询。