结论：农村人在城里购买的小产权商品房，其房产证通常不合法。以下是对此问题的详细分析：
小产权房的法律定义与地位
- 定义：小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，这类房屋未缴纳土地出让金等费用，其产权证由乡政府或村委会颁发，而非国家房管部门。
- 法律地位：根据《中华人民共和国土地管理法》和《城市房地产管理法》的相关规定，农村集体土地不得直接用于房地产开发，且非本集体经济组织成员不得购买农村宅基地及地上房屋。因此，小产权房在法律上不被视为完全合法的房产，无法取得国家颁发的合法产权证书（如房产证）。
城里人购买小产权房的法律风险
- 无法办理产权登记：由于小产权房无法取得国家颁发的合法产权证书，购买者无法办理产权登记，这意味着其房屋所有权无法得到法律上的确认和保护。
- 无法享受相关公共服务：小产权房通常无法享受与合法商品房同等的公共服务，如子女入学、医疗保障等。
- 面临拆迁时无补偿或补偿标准极低：在面临拆迁时，小产权房的购买者可能无法获得与合法商品房相同的补偿标准，甚至可能面临无补偿的情况。
- 可能引发的合同纠纷：由于小产权房的买卖行为在法律上存在诸多限制，因此可能引发合同纠纷，购买者可能面临合同无效、无法履行等风险。
特定条件下的有效性分析（虽不改变小产权房整体非法性，但提供一定参考）
- 同村村民之间的买卖：如果买卖双方均为同一农村集体经济组织的成员，且符合当地关于宅基地使用权的流转规定，那么这种买卖行为通常是有效的。然而，这并不适用于城里人与农村居民之间的交易。
- 政策调整或试点地区：在某些地区，政府可能出于特定目的对小产权房的政策进行调整，允许在一定范围内进行流转或确权。但这种情况较为罕见，且具体政策因地区而异，城里人购买小产权房仍需谨慎。
- 长期实际占有和使用：在某些司法实践中，如果购买者长期实际占有和使用小产权房，且没有引发其他纠纷或损害公共利益，法院在判决时可能会考虑这一因素，对买方的权益给予一定程度的保护。但这并不意味着买卖行为本身合法有效。
法律建议
- 谨慎行事：城里人在考虑购买小产权房时应谨慎行事，充分了解相关法律政策和风险点。
- 选择合法合规的房产：如果确实需要购房，建议选择合法合规的商品房或经济适用房等保障性住房，以确保自身权益得到法律保护。
总结：农村人在城里购买的小产权商品房，其房产证通常不合法。购买小产权房存在诸多法律风险，包括但不限于无法办理产权登记、无法享受相关公共服务、面临拆迁时无补偿或补偿标准极低以及可能引发的合同纠纷等。因此，建议城里人在购房时选择合法合规的房产，以确保自身权益得到法律保护。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。