农村自建房有不动产权证和村委会证明，在法律上是可以认定为合法的。以下是对这一结论的详细解释：

1. 不动产权证的法律效力：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第二百零九条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。农村自建房若已依法取得不动产权证，即意味着该房屋的所有权已经得到了法律的确认和保护。
   • 不动产权证是房屋所有权的法律凭证，具有极高的法律效力，能够证明房屋的所有权归属。

2. 村委会证明的作用：

   • 村委会作为基层群众性自治组织，对本村的集体土地、房屋等资产有深入了解，其出具的证明在农村集体产权和村民自建房屋情况的证明中具有一定作用。
   • 村委会证明可以证实房屋的建造时间、宅基地分配等关键信息，作为房屋权属和使用的初步证据。
   • 然而，村委会证明的法律效力并非绝对，它通常与其他证据（如不动产权证、相关审批文件等）相互印证，形成完整的证据链。

3. 综合判断：

   • 在农村自建房合法性的判断上，不动产权证是核心证据，具有决定性的法律效力。
   • 村委会证明虽然具有一定作用，但通常作为辅助证据，与不动产权证等其他证据共同构成完整的证据体系。
   • 因此，农村自建房若同时拥有不动产权证和村委会证明，且两者内容相互印证，无矛盾之处，则可以认定为合法。

综上所述，农村自建房拥有不动产权证和村委会证明，在法律上可以认定为合法。不动产权证是房屋所有权的法律凭证，具有极高的法律效力；而村委会证明则作为辅助证据，进一步证实房屋的权属和使用情况。若您在农村自建房方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。