农村自建房中加建或违建部分不能单独过户合法的那一部分。以下从几个方面为你详细分析：

法律层面

1. 房屋产权的整体性：农村自建房的产权是基于整个建筑物而言的，加建或违建部分与合法部分在物理上和法律上往往是一个不可分割的整体。根据《民法典》中关于物权的相关规定，物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定登记。而房屋过户本质上是对房屋产权的变更登记，如果只过户合法部分，在法律上难以实现产权的清晰界定和有效登记。因为加建或违建部分的存在会影响整个房屋的结构、面积等关键要素，导致无法单独对合法部分进行准确的产权登记。
2. 违建部分的法律定性：加建或违建部分属于违法建筑，不受法律保护。根据相关法律法规，违法建筑不能进行产权登记，也就无法参与合法的产权交易和过户。如果试图将合法部分与违建部分分割开来过户，可能会面临行政处罚，因为这种行为可能被视为试图通过不正当手段规避对违建部分的法律责任。

实际操作层面

1. 房屋评估与测绘难题：在进行房屋过户时，通常需要对房屋进行评估和测绘，以确定房屋的价值和面积等关键信息。如果房屋存在加建或违建部分，评估和测绘机构很难准确区分合法部分和违建部分，并分别进行评估和测绘。这就导致在实际操作中，无法单独对合法部分进行过户所需的评估和测绘工作。
2. 交易风险与纠纷隐患：即使双方在过户协议中约定只过户合法部分，但由于违建部分的存在，后续可能会引发一系列的纠纷。例如，新的产权人可能会因为违建部分面临行政处罚、相邻关系纠纷等问题，而原产权人也可能因为违建部分与新产权人产生责任划分等方面的争议。这些纠纷不仅会给双方带来经济损失，还会耗费大量的时间和精力。

解决方案建议

1. 合法化处理违建部分：如果加建或违建部分符合当地的规划要求和相关法律法规，可以尝试通过补办相关手续的方式使其合法化。在违建部分合法化后，整个房屋就可以作为一个完整的产权进行过户。
2. 拆除违建部分：如果违建部分无法合法化，那么可以考虑拆除违建部分，使房屋恢复到合法状态。在拆除违建部分后，再对合法的农村自建房进行过户。

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