有合法遗嘱的情况下，农村自建房一般不能直接过户，需完成继承程序后凭相关证明办理过户。具体分析如下：

1. 遗嘱的效力与继承程序
   根据《民法典》第1123条，继承开始后，有遗嘱的按照遗嘱继承办理。但农村自建房属于不动产，其过户需以完成继承程序为前提。即使遗嘱合法有效，继承人仍需通过继承权公证或法院诉讼确认继承权，取得《继承权公证书》或法院判决书后，方可办理过户。

2. 农村自建房的特殊性
   农村自建房通常建在集体土地上，土地使用权与房屋所有权不可分割。根据《土地管理法》第62条，农村宅基地使用权仅限本集体经济组织成员享有。因此，过户时需满足：

   • 继承人具有本村集体经济组织成员资格（如户籍在村）；
     
   • 房屋未被认定为违法建筑（如未超面积、未违反规划）；
     
   • 符合“一户一宅”原则（即继承人名下无其他宅基地）。

3. 过户所需材料与流程
   完成继承程序后，需向当地不动产登记中心提交以下材料：

   • 继承权公证书或法院判决书；
     
   • 房屋所有权证（如无产权证，需提供建房审批文件）；
     
   • 继承人身份证明、户籍证明；
     
   • 宅基地使用权证明（如集体土地使用证）。
     登记部门审核通过后，会核发新的不动产权证书，完成过户。

4. 风险提示

   • 若遗嘱存在争议（如形式瑕疵、多份遗嘱冲突），需通过诉讼解决，可能延长过户时间；
     
   • 若继承人非本村集体成员，可能无法继承宅基地使用权，仅能继承房屋（但房屋灭失后宅基地由集体收回）；
     
   • 农村自建房未办理产权登记的，需先补办审批手续，否则可能无法过户。

建议：若遗嘱明确且无争议，可先联系公证处办理继承权公证；若存在纠纷，建议通过法院诉讼确认继承权。如有具体问题，可进一步向我咨询。