结论前置：公司不配合合同变更而强行停止员工工作，这一行为是否合法需分情况讨论，一般情况下不合法，但特定条件下可能存在例外。以下从不同角度进行分析：
一、合同变更的合法性基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则，且不得违反法律、行政法规的规定。这意味着，任何单方面的合同变更，包括工作岗位、工作地点、薪资待遇等关键条款的变更，都需要双方协商一致，并签订书面变更协议。
二、公司强行停止员工工作的合法性分析
未经协商一致变更合同并停止工作：
- 如果公司未经与员工协商一致，就单方面变更劳动合同内容，并强行停止员工工作，这一行为显然违反了劳动合同法的规定。员工有权拒绝公司的单方面变更，并要求公司继续履行原劳动合同。
- 在此情况下，员工可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁，要求公司恢复工作、支付工资损失等。
协商一致后变更合同但停止工作存在争议：
- 即使双方协商一致变更了劳动合同，但如果公司随后以不合理的理由停止员工工作（如以变更后的合同条件未满足为由），这一行为也可能构成违法。因为合同变更后，双方应按照新的合同条款履行义务，公司无权单方面停止员工工作。
- 员工同样可以依法维权，要求公司继续履行合同或承担违约责任。
特定条件下的合法停止工作：
- 在某些特定情况下，如员工严重违反公司规章制度、严重失职给公司造成重大损害等，公司可能有权依据劳动合同或相关法律法规的规定，单方面停止员工工作甚至解除劳动合同。但这种情况与合同变更无直接关联，且需要满足严格的法定条件。
三、员工的应对策略
- 与公司协商：首先尝试与公司进行友好协商，明确表达自己的立场和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
- 收集证据：在协商过程中，注意收集相关证据，如劳动合同、变更协议（如有）、工资单、工作记录等，以备不时之需。
- 申请仲裁或提起诉讼：如果协商无果，员工可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
四、法律后果
- 如果公司被认定违法停止员工工作，可能需要承担继续履行合同、支付工资损失、赔偿金等法律责任。
- 员工在维权过程中，也应遵守法律法规和程序规定，避免采取过激行为或违法手段。
最后建议：面对公司不配合合同变更并强行停止工作的情况，员工应保持冷静，依法维权。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。