结论：员工在不知实情的情况下，因老板指使签订假合同导致非法购买发票，员工可能面临一定法律风险，但可从不知情、无故意等角度争取减轻或免除责任，同时老板将承担主要法律责任。具体处理方式如下：

1. 员工可能面临的法律风险及责任认定

   • 行政责任：根据《中华人民共和国发票管理办法》相关规定，非法购买发票属于违反发票管理法规的行为。税务机关会责令改正，并可处以罚款。虽然员工是在不知情的情况下参与，但如果税务机关在调查过程中认为员工存在一定过错，比如未尽到基本的审查义务等，员工仍有可能被处以一定数额的罚款。不过，如果能充分证明自己确实不知情，没有主观故意，那么行政处罚的力度可能会相对较轻。
   • 刑事责任：在非法购买发票情节严重的情况下，可能构成犯罪。根据《中华人民共和国刑法》第二百零八条，非法购买增值税专用发票或者购买伪造的增值税专用发票的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金。但对于员工而言，由于其不知实情，缺乏犯罪的主观故意，一般不构成犯罪。不过，如果员工在过程中存在一些异常行为，比如明知合同存在虚假内容却仍然配合等，可能会被认定为存在间接故意，从而面临刑事指控。但这种情况需要有充分的证据证明员工的主观故意，否则难以认定。

2. 老板的法律责任

   • 行政责任：老板作为指使员工进行非法购买发票的直接责任人，税务机关会对其进行严厉的行政处罚。除了责令改正外，罚款的数额通常会比对员工的处罚更重。同时，还可能会被采取限制发票领购等措施，以防止其继续实施违法行为。
   • 刑事责任：如果非法购买发票的行为构成犯罪，老板作为主犯，将承担主要的刑事责任。根据犯罪情节的严重程度，可能面临五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。

3. 员工的应对措施

   • 收集证据：员工应尽快收集能够证明自己不知情的相关证据，比如与老板的聊天记录、邮件往来等，这些证据可以表明自己是在被欺骗的情况下参与的。同时，也可以寻找其他同事的证言，证明自己平时的工作表现和对此事的无知情况。
   • 配合调查：在税务机关或司法机关进行调查时，员工应积极配合，如实陈述事情的经过。不要隐瞒或歪曲事实，以免给自己带来更严重的法律后果。同时，也可以向调查人员提供自己收集到的证据，以证明自己的清白。
   • 寻求法律帮助：如果员工担心自己会承担不必要的法律责任，可以寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况为员工提供法律建议，帮助员工制定应对策略，维护自己的合法权益。

4. 公司可能面临的后果

   • 税务处罚：公司作为业务往来的主体，因非法购买发票的行为，税务机关会对公司进行税务处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。这将对公司的财务状况产生严重影响，增加公司的经营成本。
   • 声誉受损：非法购买发票的行为一旦被曝光，会对公司的声誉造成极大的损害。客户可能会对公司的信誉产生质疑，从而减少与公司的业务合作；供应商也可能会对公司的诚信度产生怀疑，影响公司的供应链稳定。这将导致公司在市场上的竞争力下降，影响公司的长期发展。

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