结论前置：

1. 老板和员工均可能面临刑事责任；
2. 需立即停止虚开行为并采取补救措施；
3. 建议主动配合调查并寻求专业法律帮助。

详细分析：

一、法律责任层面

根据《中华人民共和国刑法》第二百零五条，虚开发票罪的构成要件包括：

• 为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开发票；
• 虚开税款数额较大（1万元以上）或造成国家税款损失5000元以上。

老板责任：作为指令发起者，通常被认定为主犯，需承担全部刑事责任，可能面临：

• 3年以下有期徒刑或拘役，并处2万-20万元罚金；
• 数额较大或有其他严重情节的，处3-10年有期徒刑，并处5万-50万元罚金；
• 数额特别巨大或有特别严重情节的，处10年以上有期徒刑或无期徒刑，并处5万-50万元罚金或没收财产。

员工责任：作为执行者，若明知虚开仍参与，通常被认定为从犯，但需注意：

• 从犯可从轻、减轻处罚或免除处罚；
• 若员工被胁迫参与，可能构成胁从犯，处罚更轻；
• 但若员工主动提出虚开方案或积极实施，可能被认定为主犯。

二、补救措施建议

1. 立即停止虚开行为：

   • 销毁已虚开的发票（需合法程序）；
   • 停止要求或参与任何形式的虚开。

2. 主动补缴税款：

   • 向税务机关申报真实交易情况；
   • 补缴应纳税款及滞纳金（每日万分之五）；
   • 申请从轻处理（根据《税收征收管理法》第六十三条）。

3. 配合调查：

   • 如实向公安机关、税务机关说明情况；
   • 提交真实交易合同、付款凭证等证据；
   • 避免毁灭、伪造证据。

三、风险防范要点

1. 证据保留：

   • 保存老板指令虚开的书面记录（微信、邮件等）；
   • 留存真实交易的相关凭证（如物流单据、银行流水）。

2. 法律程序参与：

   • 在侦查阶段可申请取保候审；
   • 审查起诉阶段可提交《不予起诉意见书》；
   • 审判阶段可争取缓刑或单处罚金。

3. 企业合规建议：

   • 建立发票审核制度（三流一致：合同流、资金流、货物流）；
   • 定期开展税务合规培训；
   • 引入第三方税务审计。

特别提醒：虚开发票案件中，税务机关与公安机关常联合办案，且通过大数据比对（如发票流向、资金回流）极易发现异常。建议老板和员工均不要抱有侥幸心理，尽早通过合法途径解决。如有具体案件细节需要分析，可直接向我提问。