公司因生产经营困难拖欠工资，员工因此旷工的，公司可依据具体情况采取以下处理措施：

1. 与员工协商解决

• 沟通协商：公司应首先与旷工员工进行积极沟通，了解其旷工的具体原因，并尝试协商解决工资拖欠问题。通过协商，双方可以达成一致，如分期支付工资、延期支付等，以缓解公司的资金压力，同时保障员工的合法权益。
• 签订协议：若双方达成一致，应签订书面协议，明确支付工资的时间、方式等条款，以避免后续纠纷。

1. 依据规章制度处理

• 规章制度审查：公司应首先审查自身的规章制度，确保其中关于旷工的处理规定合法、合规，且已向员工公示或告知。
• 旷工处理：若员工旷工行为违反公司规章制度，且规章制度中明确规定了旷工的处理措施（如警告、罚款、解除劳动合同等），公司可依据规章制度对员工进行处理。但需注意，处理措施应合理、适度，避免过度处罚引发劳动争议。

1. 依法解除劳动合同

• 严重旷工情形：若员工旷工行为严重违反公司规章制度，或达到法律规定的解除劳动合同条件（如连续旷工超过一定天数等），公司可依法解除与员工的劳动合同。
• 解除程序：在解除劳动合同前，公司应确保已履行法定程序，如提前通知员工、听取员工意见、向工会或职工代表大会报告等。同时，应保留好相关证据，以备后续劳动争议处理。

1. 应对劳动争议

• 争议解决机制：若员工对公司的处理措施不服，可能引发劳动争议。公司应积极应对，通过协商、调解、仲裁或诉讼等途径解决争议。
• 法律风险防范：在处理旷工员工时，公司应注重法律风险防范，确保处理措施合法、合规，避免因处理不当而引发更大的法律纠纷。