关于工程结算5%的履约担保金是否要扣的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和合同条款来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同条款的约定：

   • 首先，你需要仔细审查工程合同中关于履约担保金的条款。合同中通常会明确规定履约担保金的金额、支付方式、扣除条件以及返还条件等。
   • 如果合同中明确规定了在工程结算时，需要扣除一定比例的履约担保金作为违约金或赔偿金，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么按照合同约定，这部分履约担保金是需要扣除的。
   • 反之，如果合同中没有相关规定，或者规定不明确，那么就不能随意扣除履约担保金。

2. 履约情况：

   • 除了合同条款外，还需要考虑承包商的履约情况。如果承包商在合同履行过程中存在违约行为，如工程质量不达标、工期延误等，且这些违约行为给发包人造成了损失，那么发包人有权根据合同约定或法律规定扣除相应的履约担保金作为赔偿。
   • 如果承包商已经按照合同约定全面履行了自己的义务，没有违约行为，那么发包人就没有理由扣除履约担保金。

3. 法律法规的规定：

   • 在判断是否需要扣除履约担保金时，还需要考虑相关法律法规的规定。例如，《民法典》等法律法规对合同履行、违约责任等方面都有明确规定。
   • 如果合同中的扣除条款违反了法律法规的强制性规定，如显失公平、违反公序良俗等，那么该条款是无效的，发包人不能依据该条款扣除履约担保金。

4. 实际操作建议：

   • 在实际操作中，我建议你先与发包人进行沟通协商，了解其扣除履约担保金的具体理由和依据。
   • 如果发包人提出的扣除理由和依据不充分或存在争议，你可以要求其提供相关证据或依据，并进行进一步的分析和判断。
   • 如果双方无法达成一致意见，你可以考虑通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。

总结来说，工程结算5%的履约担保金是否要扣，需要根据合同条款、履约情况以及法律法规的规定来综合判断。如果你对此存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见。