结论：延期违约是否需要在工程结算中扣除，取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定角度：

   • 有明确约定：如果建设工程合同中明确规定了延期违约的责任承担方式，包括是否需要在工程结算中扣除延期违约金或损失赔偿，那么应当遵循合同的约定。例如，合同可能规定，因承包方原因导致的延期，每日需按合同总价款的万分之X支付违约金，该违约金在工程结算时从工程款中扣除。
   • 无明确约定：若合同中未明确约定延期违约的责任承担方式，或者约定不明确，那么需要根据相关法律法规和行业惯例，结合双方协商的结果来确定是否扣除及扣除的金额。

2. 法律法规角度：

   • 《中华人民共和国民法典》相关规定：根据《民法典》中关于合同违约责任的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在建设工程合同中，如果承包方延期完工，且该延期是由于承包方的原因造成的，那么承包方应当承担违约责任，包括支付违约金或赔偿损失。这些违约金或损失赔偿，在工程结算时，理论上是可以从工程款中扣除的，但具体还需看合同约定和双方协商。
   • 行业惯例与公平原则：在建设工程领域，延期违约是常见的违约行为之一。为了维护合同的严肃性和公平性，行业惯例通常倾向于支持在工程结算中扣除因延期违约产生的违约金或损失赔偿。当然，这一做法也需遵循公平原则，确保扣除的金额合理、合法，不损害任何一方的合法权益。

3. 实际操作建议：

   • 审查合同：首先，应仔细审查建设工程合同，明确合同中关于延期违约的责任承担方式、违约金或损失赔偿的计算方法以及扣除方式等条款。
   • 协商沟通：如果合同中未明确约定或约定不明确，建议双方进行协商沟通，就延期违约的责任承担方式、扣除金额等达成一致意见，并签订补充协议或会议纪要等书面文件，以明确双方的权利和义务。
   • 法律途径：如果双方无法就延期违约的责任承担方式达成一致意见，或者一方拒绝履行合同义务，另一方可以通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁等。

后续行动建议：如果您面临延期违约需要在工程结算中扣除的问题，建议您首先审查合同条款，了解双方的权利和义务；其次，与对方进行协商沟通，尝试达成一致意见；最后，如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。