工程违约金是否应进入结算，这主要取决于合同的具体约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
合同有明确约定：如果建设工程合同中明确规定了违约金的支付方式、支付时间以及是否计入工程结算款等条款，那么双方应当按照合同约定执行。这种情况下，违约金的支付与计入结算款是明确的，无需额外争议。
合同无明确约定：若合同中未对违约金的支付及计入结算款作出明确规定，则需要根据相关法律法规及行业惯例进行判断。
二、法律法规依据
《民法典》相关规定：根据《民法典》中关于合同违约责任的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。这里的赔偿损失，可以包括因违约造成的直接损失和间接损失，违约金作为赔偿损失的一种形式，其支付应当符合合同约定或法律规定。
工程结算的法律规定：工程结算通常涉及工程款的支付、变更、索赔等多个方面。违约金是否计入结算款，需看其是否属于工程结算的范畴。如果违约金是因工程延期、质量不符合约定等违约行为产生的，且合同或法律有相关规定，那么违约金应当作为工程结算的一部分进行考虑。
三、实际操作建议
审查合同条款：在处理工程违约金是否应进入结算的问题时，首先应仔细审查合同条款，特别是关于违约责任和结算方式的相关规定。
协商与调解：如果合同条款不明确或存在争议，双方可以尝试通过协商或调解的方式解决。在协商过程中，可以参考行业惯例、类似案例以及相关法律法规的规定，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：如果协商和调解无法达成一致，双方可以通过法律途径解决争议。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将根据合同约定、法律法规以及双方提供的证据进行裁决。
四、可能的风险与后果
违约金过高或过低的风险：如果合同中约定的违约金过高或过低，可能面临被法院或仲裁机构调整的风险。根据《民法典》的规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少；约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加。
结算款支付延迟的风险：如果违约金是否计入结算款存在争议，可能导致结算款支付延迟。这不仅会影响施工方的资金周转，还可能引发进一步的法律纠纷。
综上所述，工程违约金是否应进入结算，需根据合同约定、法律法规以及实际情况进行综合判断。在处理此类问题时，建议双方首先审查合同条款，尝试通过协商或调解解决争议；如果无法达成一致，可以通过法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。