工程结算过程中，确实可能包括工程扣款及违约金，但具体是否包含以及如何计算，需依据合同约定、违约事实及法律规定来综合判断。以下是对这一问题的详细解答：
一、工程结算与扣款、违约金的关系
工程结算是对工程建设过程中各项费用进行汇总和核算的过程，它涵盖了工程款的支付、扣款以及可能的违约金等多个方面。在工程结算时，如果合同中有明确约定，且存在违约行为，那么违约金作为违约责任的一种形式，是可能被纳入结算范围的。
二、工程扣款及违约金的常见情形
工程扣款：
- 工程扣款可能因多种原因产生，如工程质量不达标、工程进度延误导致的罚款、材料浪费或损坏的赔偿等。这些扣款通常会在工程结算时进行扣除。
违约金：
- 工期延误：如果承包人未按照合同约定的时间完成工程，导致工期延误，发包人有权依据合同约定要求承包人支付逾期竣工违约金。
- 工程质量问题：如果工程存在质量问题，且该问题是由于承包人的过错导致的，发包人除了可以要求承包人承担修复费用或赔偿损失外，还可以依据合同约定主张违约金。
- 其他违约行为：如擅自转包、分包，未按照合同约定使用材料或设备等，如果这些行为违反了合同约定并给发包人造成了损失，发包人同样有权在工程结算时要求承包人支付违约金。
三、注意事项
审查合同条款：
- 在进行工程结算前，应仔细审查建设工程施工合同中的相关条款，特别是关于扣款和违约金的约定。确保这些条款的合法性和有效性，并明确扣款和违约金的计算方式、支付时间等。
收集证据材料：
- 为了支持扣款和违约金的主张，需要收集充分的证据材料来证明对方的违约行为以及自己因此遭受的损失。这些证据可能包括施工记录、验收报告、往来函件、照片或视频等。
注意结算文件的效力：
- 如果工程结算文件中已经对扣款和违约责任进行了处理或豁免，那么在后续再行主张可能会受到限制。因此，在签署结算文件前，应仔细审查其中的内容，确保自己的权益得到充分保障。
遵循法律程序：
- 如果在工程结算过程中对扣款或违约金有争议，应遵循法律程序进行解决。可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来维护自己的合法权益。
综上所述，工程结算过程中确实可能包括工程扣款及违约金。在进行工程结算时，应仔细审查合同条款、收集证据材料、注意结算文件的效力，并遵循法律程序来维护自己的合法权益。