结论：在这种情况下，员工离职是否有补偿，主要取决于原工厂与新工厂之间的转让协议内容、员工在原工厂的工作年限以及员工不续签合同的具体原因。以下分情况详细说明：
若原工厂与新工厂的转让协议中明确约定了员工权益的承接与补偿事宜：
- 法律背景：根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。若转让协议中明确约定了新工厂需承担原工厂对员工的补偿责任，那么员工在合同到期不续签时，有权依据该协议向新工厂主张相应的补偿。
- 建议：员工应仔细审查转让协议，了解其中关于员工权益的承接与补偿条款。若协议中有明确约定，员工可依据协议向新工厂提出补偿要求。
若原工厂与新工厂的转让协议中未明确约定员工权益的承接与补偿事宜，但员工因原工厂原因（如拖欠工资、未提供劳动条件等）不续签合同：
- 法律背景：根据《劳动合同法》第四十六条的规定，除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。若员工因原工厂存在违法行为（如拖欠工资、未提供劳动条件等）而不愿与新工厂续签合同，这可以视为原工厂的原因导致合同终止，员工有权要求原工厂支付经济补偿。但实际操作中，由于原工厂可能已转让，员工可能需要通过法律途径向原工厂或新工厂（若其承接了原工厂的债务）主张权利。
- 建议：员工应收集相关证据（如工资单、工作条件证明等），证明原工厂存在违法行为，并据此向原工厂或新工厂（若适用）提出经济补偿要求。若协商不成，可向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
若原工厂与新工厂的转让协议中未明确约定员工权益的承接与补偿事宜，且员工因个人原因不续签合同：
- 法律背景：在此情况下，由于员工是因个人原因不续签合同，而非原工厂或新工厂的原因，因此员工通常无权要求经济补偿。
- 建议：员工应了解并接受这一法律后果，并做好相应的职业规划。若员工希望获得经济补偿，可能需要与新工厂进行协商，看是否能够达成补偿协议。
额外提醒：
- 员工在处理此类问题时，应保留好与原工厂和新工厂的沟通记录、转让协议、劳动合同等相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
- 若员工对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到保障，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地处理劳动纠纷。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。